旧日本的军政与军令系统也是军国日本统帅体制的重要组成部分，其中军令系统的权力极大，因此着重谈谈其演变过程。

军政系统

大化改新（公元646年）后，日本效仿中国隋唐时期的三省六部制建立中央官制，以二官八省为基本体制，二官指的是担当朝廷祭祀的神祇官和统括国政的太政官，在太政官之下设置八省：中务省、式部省、治部省、民部省、兵部省、刑部省、大藏省、宫内省。

1872年2月，根据太政官公告，日本兵部省拆分为海军省和陆军省，这种状况一直持续到1945年。

日本陆军省首长为陆军大臣，主管陆军军政事务，即政府国防政策、部队动员、国防预算、武器研制等，遇有军政问题可以与总理大臣或参谋总长并列上奏天皇，也可单独上奏天皇。陆军省的内设机构有：本部（办公厅）、军务局、军医局、兵器局、整备局、经理局、会计局、外务局。局下根据需要分课办事。如整备局下设动员课、运输课、资产课等。

日本海军省首长为海军大臣，负责海军的军政管理，包括海军的人事和教育、会计和庶务、医务、军舰和飞机的设计和生产、出师准备、海军军官和飞行员的培养等行政事务。

军令系统

1871年（明治四年）7月，日本兵部省下设陆军参谋局。这是日本军令部门最早的形式。

1872年2月，根据太政官公告，日本兵部省拆分为海军省和陆军省，陆军参谋局改为陆军省参谋局。

1873年4月1日，陆军省参谋局改称第六局。

1874年2月22日，“第六局”又改回原状，仍称陆军省参谋局。

1875年6月18日，陆军省参谋局改为陆军省直属机构。

1878年12月，陆军省直属机构改称参谋本部，从陆军省中独立出来，实现了军政与军令的分离。

1884年，海军省设立“军事部”。

1886年3月，参谋本部内分设海军部和陆军部，分别掌管海军和陆军的军令。

1888年，因陆海军之间的矛盾，参谋本部下的海军部和陆军部分别改为海军参谋本部和陆军参谋本部，而陆海军全军参谋长称为“参军”。

1889年，陆军参谋本部长改称参谋总长，设置海军省参谋部负责海军军令。

1893年5月，海军省参谋部改名“海军军令部”。海军军令部条例（敕令第37号）规定，陆海军的军令部门（陆军参谋本部和海军军令部）在和平时期是相互独立、对等的；海军军令部虽属于海军最高单位，但设置之初，政府为尊重陆军，将海军的军令部与参谋本部一并列于陆军之下。根据同年制定的战时大本营条例（敕令第52号），战时，海军军令权属于作为幕僚长的陆军参谋总长。

1903年12月，根据修改后的战时大本营条例（敕令第293号），即使在战争时期，陆海军的军令部门也各自独立，保持对等的地位。此举标志着海军军令部与陆军彻底脱钩。

1933年，为与日本陆军参谋总长的职衔对应，海军军令部长改称军令部总长；军令部次长辅佐总长，两者皆为御前会议的成员。

日本陆军参谋总长是陆军军令部门——参谋本部的首脑，由天皇任命并直属天皇，其主要职责是辅佐天皇指挥陆军，参与大本营的军事筹划，并代表天皇下达作战命令。参谋总长同陆军大臣、教育总监并列为日本陆军三长官。

日本海军的军事指挥首长是军令部总长（对应于陆军的参谋总长），由天皇任命的海军将领担任，不对内阁（包括首相和海军大臣）、国会负责。军令部不仅负责草拟命令，军令部总长还可奉敕下达作战命令。军令部总长平时主管作战与用兵计划，战时为联合舰队总司令的直接上级，并决定作战目标、海军兵力配备。