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TransmiR 3.0：转录因子-miRNA调控更新数据库

已有 436 次阅读 2024-12-6 10:21 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

TransmiR 3.0：转录因子-miRNA调控更新数据库

MicroRNAs（miRNAs）是一类转录后调控因子，是长度约为22个核苷酸的短非编码RNA。miRNA通常通过结合靶mRNA的3端翻译地区。它们在各种组织中表达，并参与多种生理和病理过程，如发育和生长、细胞分化、凋亡、心血管疾病、内分泌系统疾病和癌症。虽然一些miRNA在疾病中的功能已经被很好地表征，但对miRNA基因的转录调控和miRNA失调的机制了解仍然相对有限。

miRNA独特的生物发生过程为分析其转录调控提出了挑战。miRNA基因被RNA聚合酶II 转录成初级miRNA（pri-miRNA）后，通过Drosha将pri-miRNA快速切割成miRNA前体 (pre-miRNA)，使得miRNA转录起始位点（transcription start site，TSS）的准确鉴定变得更加复杂。先进的测序技术，如基因表达分析（CAGE），结合积累的数据集，为大规模定位miRNA启动子提供了基础。与此同时，大量的计算方法和资源被设计用于识别miRNA TSS。例如，几种方法整合了来自组学数据的各种染色质标记，包括染色质修饰、RNA聚合酶结合峰和转录因子结合峰，以预测miRNA tss，如primirTSS和microTSS。FANTOM项目已经根据CAGE数据为几种哺乳动物物种进行了miRNA TSS注释。DIANA-miRGen v4和mirTrans分别通过分析FANTOM知识库中的CAGE数据和表观基因组测序数据，提供了组织和细胞类型特异性的miRNA TSS和相应的TF。此外，整理已被实验验证代表TF和miRNA之间真正功能相互作用的调控信息同样重要。因此，2010年使用相关出版物中人工筛选的TF-miRNA调控构建了TransmiR，并在2018年进行了重大更新，涵盖了更广泛的物种。

最近，TransmiR数据库更新了第三版（图1，http://www.cuilab.cn/transmir），其特点是TF-miRNA调控数据的实质性扩展。TransmiR的核心数据集，即文献衍生的TF-miRNA调控条目，已经从3730个扩展到5095个。此外，通过利用基于ChIP的TF结合实验，已经生成了600万个假设的TF-miRNA调控，其中23%的miRNA TSS来自高通量测序（HTS）数据。此外，来自流行数据库的广泛的TF结合位点motif已被纳入预测调节人类、小鼠和大鼠miRNA基因转录的TF。

图1 TransmiR 3.0数据库

在这项研究中，TransmiR 3.0与以前的版本相比，提供了更广泛的TF-miRNA调控和详细注释。TransmiR 3.0包含29个物种的3260个TF、4253个miRNA和514，433个非冗余TF-miRNA调控关系。此外，该版本还引入了新的TF和miRNA注释，包括TF家族、TFBS信息和表达谱，以提高TF调控细节的分辨率。此外，TransmiR 3.0网站的功能也得到了增强。批搜索和搜索提示功能将改善数据可访问性。网络模块已经扩展到包括更多的疾病特异性调控网络和考虑性别差异的新型TF-miRNA调节。总的来说，TransmiR 3.0为研究miRNA及其调控网络提供了更全面和信息丰富的资源。

参考文献

[1] Liang M, Zhang C, Yang Y, Cui Q, Zhang J, Cui C. TransmiR v3.0: an updated transcription factor-microRNA regulation database. Nucleic Acids Res. 2024 Nov 12:gkae1081. doi: 10.1093/nar/gkae1081.

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC