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Flame 2.0：整合和解释多个来源的功能富集结果

已有 1347 次阅读 2024-6-21 09:04 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

Flame 2.0：整合和解释多个来源的功能富集结果

功能富集是识别涉及基因或蛋白质组的生物功能、途径、疾病或表型的过程。为此，开发了几种应用程序，例如DAVID、Panther、Metascape、WebGestalt、Enrichr、aGOtool、AllEnricher、GO-Elite、MSigDB、WEGO、KOBAS、clusterProfiler、modEnrichr、agriGO、DOSE、GeneTrail、Gorilla、oppGene、PANGEA和Enrichr-KG 是广泛使用的网络工具或软件包，BiNGO, stringApp或ClueGO作为Cytoscape的插件。

虽然各种各样的应用程序可以专注于不同的方面，例如富集(i)生物通路（例如; KEGG、WikiPathways、Reactome），(ii)基因本体（GO本体，如生物过程、分子功能和细胞成分，(iii)疾病（例如OMIM 、DisGeNet，(iv)蛋白质复合物（例如CORUM），(v)蛋白质结构域（例如Pfam），(vi)表型（例如HPO 或(vii)调控基序（TRANSFAC、miRTarBase）。显然，选择合适的工具来满足某些需求并不容易。此外，虽然这些工具中的大多数都有一个简单的界面，但很少强调结果的可视化和组合、ID转换、参数选择、结果优先级排序、记录关联、支持多个列表和多功能输入选项。因此，对一般用户来说，以更精简和组合的方式使用和解释结果仍然是一项困难的任务。

最近，Karatzas等人介绍了一款Flame (v2.0)在线工具（图1），这是一种解决上述问题的高级服务。Flame专注于使用的简单性，在导入和处理多个列表方面提供了许多自由度，运行先进的最先进的功能丰富分析管道，以及通过先进的交互式可视化组合和优先考虑结果。Flame能够将结果作为列表报告，但也可以在网络级别将它们关联起来，同时它提供了主要的资源集成，如aGOtool、g: Profiler、WebGestalt、R和STRING。

图1 Flame输入选项。(A)使用任何广泛使用的标识符(例如HUGO名称，ENSEMBL、Entrez、UniProt)的简单基因列表。(B)人类SNP列表。(C)一个自由的文本，可以进一步挖掘基因和蛋白质使用NER偏爱的生物体。鉴定出的基因和蛋白质可用于功能富集分析。(D)输入基因表达数据(基因名称、p值、logFC)生成Volcano图。用户可以手动在p值和FC轴上应用阈值，以定义显著性差异表达过高和过低的基因，并交互式地从图中选择它们以进行进一步分析

参考文献

[1] Karatzas E, Baltoumas FA, Aplakidou E, et al. Flame (v2.0): advanced integration and interpretation of functional enrichment results from multiple sources. Bioinformatics. 2023; 39(8):btad490. doi:10.1093/bioinformatics/btad490

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC