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dbCRAF：人类癌症中放疗反应调控知识图谱

已有 1053 次阅读 2024-6-20 09:04 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

dbCRAF：人类癌症中放疗反应调控知识图谱

癌症是一种复杂的疾病，在世界范围内大大降低了人类的预期寿命。放射治疗(Radiation therapy，RT)是治疗复杂疾病的重要方式之一，它可以单独使用，也可以与其他治疗方法联合使用，以治愈肿瘤并缓解癌症患者的肿瘤相关症状。然而，放射治疗的作用不是肿瘤细胞特异性的，可能对周围暴露的器官和组织造成副作用或毒性(例如放射治疗损伤，继发性癌症)。因此，研究增强肿瘤杀伤同时降低对周围正常组织毒性的放射反应的分子机制是很重要的，这可以确保更好的治疗效果，并为癌症患者提供有意义的改善。

许多研究者致力于研究人类肿瘤细胞系或者癌症患者放射治疗预后的放射敏感性、放射抗性的分子机制，但这些有价值的发现分散在多个来源。具体而言，文献中出现的新证据将更多的编码基因和各种类型的非编码RNA (non-coding RNA，ncRNA)，如microRNA (miRNA)、long non-coding RNA (lncRNA)和circular RNA (circRNA)与人类癌症的放射耐药和放射敏感性联系起来。例如，Han等人证实PVT1的下调可抑制鼻咽癌细胞的放射耐药。Wang等人发现circ_0067835敲低可抑制结直肠癌的进展并增强结直肠癌细胞的放射敏感性。此外，Wen等人构建了dbCRSR数据库，其中包含395个编码基因、119个miRNA和306个可以调控辐射敏感性的化合物。此外，随着测序技术的发展，已经有大量文献使用计算分析方法来阐明基因与肿瘤预后之间的复杂关系。这些发现也为改善放射治疗的临床结果提供了有价值的见解。总之，由于缺乏对这些分散数据的有效收集，很难对先前关于放射反应分子机制的研究有一个总体的理解，从而阻碍了放射治疗的进一步进展。

为了满足这些需求，Liu等人建立了一个信息丰富的功能数据库(dbCRAF, http://dbCRAF.xialab.info/，图1)，其中包含与放疗患者的放射敏感性、放射耐药和预后相关的各种因素(1,677个基因、612个放射增敏因子和49个蛋白)。此外，作者们整理了与放射反应相关的ncRNA和放射增敏剂的miRNA-靶基因、lncRNA-靶基因、circRNA-靶基因和药物-靶基因相互作用。允许用户构建辐射响应交互网络。此外，设计了四个分析模块，使用户能够根据收集的数据提取影响辐射响应的关键因素或潜在调控因子。简而言之，dbCRAF希望成为一个一站式的在线服务，用于整合和分析有关细胞辐射响应的有价值信息。

图1 dbCRAF框架

参考文献

[1] Liu J, Li J, Jin F, et al. dbCRAF: a curated knowledgebase for regulation of radiation response in human cancer. NAR Cancer. 2024;6(1):zcae008. doi:10.1093/narcan/zcae008a

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC