miRNA靶标互作被低估了 

自1993年被发现以来，microRNA(miRNA)已成为细胞基因表达的有效调节剂。它们参与几乎所有细胞过程的转录后调控，因此在许多疾病的发生中发挥重要作用。因此，miRNA作为诊断甚至治疗的潜在新工具引起了极大的兴趣。然而，以miRNA为中心的调控网络的高度复杂性，抑制了最初在临床环境中快速使用miRNA的希望。虽然人们只是慢慢开始认识到miRNA网络的复杂性，但许多被认为是可靠的发现必须被视为初步的。此外，由于miRNA研究的快速发展，许多核心术语，如miRNA“靶标”，远未得到统一和明确的定义。由于缺乏普遍接受的定义，使得使用这些术语的陈述变得模糊。例如，许多对miRNA靶标定义各异的研究都认为60%的蛋白质编码基因是潜在靶标。如果在miRNA靶标网络的背景下使用的靶标定义错误，这种模糊性会造成严重后果。这些网络已经具有固有的模糊性，因为它们绝不是静态结构，而是受制于不断的动态变化，至少在响应不同的细胞条件。对包括miRNA靶标和miRNA-靶标相互作用的定义在内的术语有一个更清晰的认识是至关重要的。 

在这里，Diener等人对复杂的miRNA-靶标相互作用(MTIs)进行了广泛而系统的概述，并特别考虑了实验评估MTIs的最新方法（图1）。为此，他们强调了导致miRNA与靶标结合的巨大变异性的主要因素，miRNA定位对其功能的影响以及miRNA与mRNA靶标之间的相互计量效应。最后，阐明了数据库及其进一步理解MTI的能力。 

图1 miRNA靶标调控 

人们对miRNA调控动态的理解越来越多，其中承认miRNA结合结构的可变性、miRNA序列的上下文依赖性调节、miRNA亚细胞定位的改变以及各种内源性相互作用伙伴的影响。人们也越来越意识到MTI的语境依赖性，实验策略的不断改进越来越多地考虑到miRNA调控的细胞背景，从而有助于更可靠地定义miRNA和miRNA靶点，进而全面了解它们在细胞调控网络中的作用。 

参考文献

[1] Diener C, Keller A, Meese E. The miRNA-target interactions: An underestimated intricacy. Nucleic Acids Res. 2023 Nov 30:gkad1142. doi: 10.1093/nar/gkad1142. 

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. ​EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. ​EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台：ITCM

14. AgeAnno：人类衰老单细胞注释知识库

15. 细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA

16. 细胞标志物数据库：singleCellBase

17. ​实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述

18. 肿瘤免疫治疗基因表达资源：TIGER

19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台：GSCA

20. 首个全面的耐药性信息景观：DRESIS

21. 生物信息资源平台：bio.tools

22. 研究资源识别门户：RRID

23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB

24. HMDD 4.0：miRNA-疾病实验验证关系数据库

25. LncRNADisease v3.0：lncRNA-疾病关系数据库更新版