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LncRNADisease v3.0:lncRNA-疾病关系数据库更新版
非编码RNA最初被认为是转录噪声,随着多种技术的进步,这一观点已经被推翻。长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)作为一类长度超过200nt的非编码RNA,参与多种生物学过程,如染色质重塑、通过与表观遗传调控复合物相互作用调控DNA和RNA修饰、转录和转录后水平调控。相应地,lncRNA的失调与多种疾病广泛相关,包括癌症、心血管疾病、内分泌系统疾病等。系统地整理这些知识可以极大地促进lncRNA作为生物标志物或疾病治疗靶点的发展。为此,LncRNADisease于2012年6月成立,并于2018年6月发布了后续版本,该版本手动分级了> 10000个实验支持的lncRNA-疾病关联关系,并提供了一个用户友好的web服务器来获取lncRNA及其相关疾病的注释。
得益于RNA测序技术的进步,lncRNA与疾病之间关联的证据仍在迅速增加。例如,包括MALAT1、NEAT1和DANCR在内的一系列lncRNA在COVID-19感染期间参与免疫反应或炎症过程已被报道。值得注意的是,近年来,研究环状RNA(circRNA)及其与疾病的关联的研究数量呈指数级增长。环状RNA具有闭环结构。此外,关注ncRNA与疾病因果关系的无数研究是可利用的,这有可能加速我们对lncRNA在发病机制中的作用的理解。因此,有必要整合新的lncRNA和疾病关联,以推进基于lncRNA/circRNA的治疗。本次,介绍介绍一下LncRNADisease v3.0(图1)。首先,LncRNADisease v3.0收集了25,440个实验支持的lncRNA/circRNA-疾病关联条目,涵盖6066个lncRNA、10732个circRNA和566种疾病,比上一个版本增加了2倍以上的条目。然后,将所有关联归纳为两类,即一般关联和因果关联。此外,还提供了与潜在临床应用的关联。 LncRNADisease v3.0可以从http://www.rnanut.net/lncrnadisease/免费获得。
图1 LncRNADisease v3.0数据库概览。(A) LncRNADisease v3.0工作原理图。(B)每年lncRNA/circRNA与疾病关联条目的数量,以及因果关联的数量。(C) LncRNADisease v3.0与其他类似数据库的比较。(D) lncRNA-disease条目和circRNA-disease条目中疾病类别的分布,其中疾病类别由MeSH数据库的疾病层次确定
参考文献
[1] Lin X, Lu Y, Zhang C, Cui Q, Tang YD, Ji X, Cui C. LncRNADisease v3.0: an updated database of long non-coding RNA-associated diseases. Nucleic Acids Res. 2023 Oct 11:gkad828. doi: 10.1093/nar/gkad828.
以往推荐如下:
5. EMT标记物数据库:EMTome
8. RNA与疾病关系数据库:RNADisease v4.0
9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库:RM2Target
13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台:ITCM
19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台:GSCA
22. 研究资源识别门户:RRID
24. HMDD 4.0:miRNA-疾病实验验证关系数据库
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