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circRNA发现和分析的生物信息学工具箱

已有 1364 次阅读 2023-10-25 08:58 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

circRNA发现和分析的生物信息学工具箱 

环状RNA (Circular RNA, circRNA)是一种具有生物活性的核酸分子,与信使RNA相比,它以闭环RNA形式存在,缺乏聚腺苷化的尾部。circRNA通常被归类为非编码RNA (Noncoding RNAncRNA),尽管一些circRNA具有蛋白质编码潜能。circRNA20世纪70年代首次在植物类病毒中被发现和鉴定,随后在真核细胞的细胞质中被发现和鉴定。由于线性RNA占主导地位,circRNA被认为是RNA剪接的副产物,这一领域的初步进展可能缓慢。然而,下一代测序和相关生物信息学工具的最新进展加速了研究。这些分子已在许多物种中被发现,包括人类、小鼠、线虫、植物和古细菌。图1显示了描述circRNA领域发展的时间轴。 

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1 circRNA研究的历史时间表。阐述了circRNA的知识、实验和计算工具的发展。蓝色、绿色和红色标记分别是与生物学、实验方法和代表性生物信息学工具相关的circRNA发现。1976年,环状RNA在植物类病毒中被电镜鉴定为环状RNA基因组。用类似的方法,1979年在真核细胞细胞质中发现环状RNA 1986年在丁型肝炎病毒(HDV)中发现环状RNA1991年,第一个人类circRNA被鉴定出来。1995年,circRNA在体外被证明具有蛋白质合成能力。2006年,RNase R处理被发现可以富集circRNA。到2012年,利用RNA-SeqcircRNA进行全基因组分析得到证实。2013年,circRNA被证明作为miRNA海绵,例如CDR1asSrycircRNAs可以稳定地与RNA结合蛋白(RBP)结合,如Argonaute蛋白(AGO)RNA聚合酶II2014年,Arraystar公司推出了首个商用circRNA芯片,并通过array对其表达进行了分析。2015年,circRNA被提出作为癌症生物标志物,并且可以在外泌体中检测到,circRNA也被证明是长寿的。2017年,内源性circRNA被证实可翻译成功能性多肽。2017年,研究人员开发了新的方法,通过RNase R处理,然后进行聚腺苷化和聚A+ RNA消耗(RPAD),分离高纯度的circRNA 

由于最近的其他综述提供了从组织和亚细胞位置、生物发生、降解、翻译、运输、相互作用和进化保护等方面收集的证据来理解circRNA功能的观点,本次介绍的这篇综述《The bioinformatics toolbox for circRNA discovery and analysis[1]侧重于circRNA相关的生物信息学工具。发现和分析circRNA的实验方法最近也在其他地方进行了综述。一系列研究报道了 m6A相关降解、circRNA的翻译、在癌症中的表达、融合circRNA以及在各种体液或外泌体中的表达,这些研究都指出了它们作为生物标志物的潜力。 

circRNA的生物发生过程如图2所示。与线性mRNA类似,环状RNA来源于RNA聚合酶II转录的线性pre-mRNAcircRNA可以通过反向剪接产生(2)。例如,内含子之间的内含子互补序列(ICS)配对或RNA结合蛋白(RBP)作用可以通过将远端侧背剪接外显子拉近,从而促进反向剪接,进而促进circRNA的生成。值得注意的是,一个基因可以产生不同的环状RNA,这可能受到侧翼内含子上RNA配对竞争的影响。根据circRNA最终序列中外显子和内含子的不同组合,circRNA可分为外显子circRNA、内含子circRNA和外显子-内含子circRNA。值得注意的是,外显子环状RNA可以形成单或多外显子分子。 

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2 环状RNA在动物体内的生物发生过程。环状RNA形成模型:反向剪接环状化需要两端基序(Flanking AG-GU)、互补序列(ALU元件)RBP的帮助。circRNA类型:单外显子、内含子、外显子-内含子和多外显子。circRNA功能:miRNA海绵、蛋白海绵、翻译和生物标志物 

circRNA被认为具有多种功能。circRNA可以作为miRNA海绵或竞争内源性RNA (ceRNA),与其他RNA竞争性结合miRNA配对]circRNA还可以调节细胞核内的转录,并与蛋白因子结合。与其他组织相比,circRNAs在大脑中富集。与线性RNA相比,环状RNA在组织中更稳定,寿命更长,对RNase R的抗性更强。研究表明,circRNA不仅参与多种人类疾病,包括癌症、神经退行性疾病和心血管疾病,还参与植物应激反应。 

高通量测序和相关生物信息学工具和数据库的进步为促进对circRNA的理解提供了新的机会。首个全基因组circRNA图谱于2012年被描述。2013年,find_circ成为第一个公开的circRNA鉴定管道。在这篇综述中,作者们收集并分析了约100种工具,包括web服务、数据库、独立程序和管道工具,概述并讨论了这些circRNA生物信息学工具的发展趋势。 基于这些发现,作者们还讨论了circRNA分析的当前挑战和circRNA功能的临床意义。 

详细综述情况见文献[1] 

参考文献

[1] Chen L, Wang C, Sun H, Wang J, Liang Y, Wang Y, Wong G. The bioinformatics toolbox for circRNA discovery and analysis. Brief Bioinform. 2021 Mar 22;22(2):1706-1728. doi: 10.1093/bib/bbaa001. 

以往推荐如下:

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库:CITEdb

5. EMT标记物数据库:EMTome

6. EMT基因数据库:dbEMT

7. EMT基因调控数据库:EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库:RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库:RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库:RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库:CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库:ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台:ITCM

14. AgeAnno:人类衰老单细胞注释知识库

15. 细菌必需非编码RNA资源:DBEncRNA

16. 细胞标志物数据库:singleCellBase

17. 实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述

18. 肿瘤免疫治疗基因表达资源:TIGER

19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台:GSCA

20. 首个全面的耐药性信息景观:DRESIS

21. 生物信息资源平台:bio.tools

22. 研究资源识别门户:RRID

23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库:CCIDB

24. HMDD 4.0miRNA-疾病实验验证关系数据库

 

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1 李升伟

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