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HMDD 4.0：miRNA-疾病实验验证关系数据库

已有 1840 次阅读 2023-9-20 09:13 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

HMDD 4.0：miRNA-疾病实验验证关系数据库

MicroRNAs (miRNAs)是一类重要的小分子非编码RNA，在几乎所有的生物过程中都具有关键的分子功能，因此在疾病的诊断和治疗中发挥着重要的作用。人类MicroRNA疾病数据库(Human MicroRNA Disease Database, HMDD)是生物医学研究人员研究MicroRNA相关医学的重要而全面的资源。本次介绍HMDD v4.0版本，它从文献中收集了53,530个miRNA-疾病关联条目。与5年前发布的HMDD v3.0相比，HMDD v4.0的条目数增加了1.5倍。此外，还收录了一些新的类别，包括与疾病有关的外泌体miRNA，与人类疾病有关的病毒编码miRNA，以及含有miRNA-circRNA相互作用的条目。还在疾病中筛选了性别偏向的miRNA。此外，在一个案例研究中，疾病相似性分析成功地揭示了与发育异常相关的性别偏倚miRNA与许多具有性别偏倚的人类疾病有关。HMDD v4.0（图1）可以在http://www.cuilab.cn/hmdd上自由访问。

图1 HMDD v4.0涵盖的内容

由于近年来新报道的miRNA-疾病关联和miRNA-疾病关联的分类越来越多，因此迫切需要更新数据库以获得更全面的数据覆盖范围和更准确的分类（图2A）。图2B显示了miRNA-疾病关联和相关出版物多年来的分布情况。在过去的五年中，研究miRNA与疾病关联的研究有了显著的增长。因此，在HMDD 4.0中更新的关联条目和相应的论文分别占总数据的40%和50%以上。根据最新收集的miRNA疾病关联，发现miRNA疾病关联中研究最多的疾病仍然是肝癌、直肠肿瘤、前列腺癌、非小细胞肺癌和胃癌等癌症，如图2C所示。此外，糖尿病及其并发症、阿尔茨海默病和各种心血管疾病也受到了相当大的关注。广泛参与人类疾病的前5个miRN As分别是miR-21、miR-155、miR-146a、miR-34a和miR-145(图2D)，这与HMDD v3.0中报道的结果完全一致，表明研究人员对这些明星分子的长期关注。

图2 HMDD v4.0数据库视图。(A)数据采集的模式工作流和HMDD v4.0的架构。(B)每年miRNA-疾病关联条目及其相关论文的数量和相应的累计频次。(C)根据HMDD v4.0中疾病相关miRNA数量排名前50位的热点疾病。(D)根据HMDD v4.0中miRNA相关疾病数量排名前50位的热点miRNA

总之，HMDD一直是miRNA-疾病关系网络研究高质量资源，基于该数据，研究者可以更好的研究miRNA参与多种疾病的规律。

参考文献

[1] Cui C, Zhong B, Fan R, Cui Q. HMDD v4.0: a database for experimentally supported human microRNA-disease associations. Nucleic Acids Res. 2023 Aug 31:gkad717. doi: 10.1093/nar/gkad717.

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC