博文

shinyCircos v2.0：Circos图创建和可视化工具

已有 1860 次阅读 2023-6-7 12:45 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

shinyCircos v2.0：Circos图创建和可视化工具

Circos是Krzywinski等人于2009年开发的一种用于比较基因组学的可视化工具，已成为新测序基因组和其他基因组研究不可或缺的工具。它能够以圆形格式显示各种类型的基因组数据，包括单核苷酸多态性、InDels、基因、DNA甲基化等。自其发展以来，Circos图已被频繁用于证明与相同基因组区域相关的不同基因组特征之间的相似性或差异性。典型的Circos图包括多个同心轨道，每个轨道代表基因组数据的不同方面（图1）。每个轨道被划分为多个扇区，这些扇区以圆形方式组织，代表不同的基因组区域。在每个扇区内，基因组数据可以使用单元格表示，矩形表示单个区域或特征。Circos图的最外层轨迹通常代表染色体表意图或核型，显示染色体的物理位置。成对的基因组区域可以通过最内侧轨道内的曲线连接，称为链接。

图1 shinyCircos v2.0应用程序主页上的Circos地块的基本结构。主面板顶部的介绍性文本简要介绍了Circos和shinyCircos。主面板底部的两张图像说明了Circos图的基本结构。

Circos最初是作为使用Perl编程语言的命令行工具创建的。因此，该工具的安装和配置对非编程人员构成了挑战。尽管如此，Circos工具在可视化基因组学数据方面迅速流行起来。这种流行导致了其他工具的开发，如BioCircos.js、Circulator、circlize、CIRCUS、interactCircos、NG‐Circos和Galactic Circos，用于使用各种编程语言创建Circos图。其中，使用R编程语言开发的circlize，由于其清晰的语法和强大的功能，得到了用户的广泛认可。借助R强大的图形系统，使用circize生成的Circos图在视觉上引人注目。

为了提高Circos绘图创建的效率，已经开发了几种具有图形用户界面的工具，包括J‐Circos、shinyCircos和TBtools中的高级Circos绘图模块。这些工具极大地促进了Circos图在包括生物学研究在内的各个领域的数据可视化。在这些工具中，shinyCircos（简称shinyCircos v1）是一个交互式web应用程序，使用R/Shiny作为框架，Circize作为绘图引擎开发。目前，shinyCircos是唯一一个在线创建Circos绘图的网络应用程序，也可以安装在本地计算机上。

自发布以来，shinyCircos v1经常收到用户关于错误报告和功能请求的反馈，其中大部分已得到解决。本次说的shinyCircos v2.0，shinyCircos v1.0的一个升级版本。图形用户界面已经完全重新设计，以提供更好的用户体验。此外，shinyCircos 2.0打破了最多12个输入数据集的限制，这在shinyCircos v1.0中是一个限制。此外，shinyCircos v2.0中还实现了颜色图例、轨迹索引文本标签、轴标签和记号等高级功能。与shinyCircos v1.0相比，shinyCircos v2.0的开发可用性和高级功能方面具有改进。想制作Circos，可以访问链接https://venyao.xyz/shinyCircos/。

参考文献

[1] Wang, Yazhou, Lihua Jia, Ge Tian, Yihan Dong, Xiao Zhang, Zhengfu Zhou, Xiang Luo, Yang Li, and Wen Yao. 2023. “shinyCircos‐V2.0: Leveraging the creation of Circos plot with enhanced usability and advanced features.” iMeta 2, e109. https://doi.org/10.1002/imt2.109

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC