使用他人代码的十条简单规则 

每次你使用计算机时，你都在使用别人的代码，无论是操作系统、文字处理器、网络应用程序、研究工具，还是简单的代码片段。几乎所有的代码都有一些bug和错误。在日常生活中，这些错误通常并不太重要，或者至少在它们发生时并不明显（想想操作系统崩溃）。然而，在研究中，有一场完美的风暴使使用他人的代码变得特别具有挑战性。研究需要正确和准确，研究人员经常使用没有最佳软件实践的软件和非商业工具，漏洞可能很微妙并且很难检测，研究人员有时间压力快速完成任务。因此，对研究人员来说，使用他人的代码是一种常见的挫败感，甚至被认为是一种成人仪式，这一点也就不足为奇了。 

学术界有大量关于如何编写更好代码的资源，包括PLOS ONE关于再现性、文档和编写开源软件的“十条简单规则”文章。有人呼吁通过发布代码并确保其可重复使用来提高研究的可重复性。然而，在研究中使用他人代码的反问题并没有得到那么多的关注。在工业中，有一些资源用于处理遗留代码（“遗留代码”本质上翻译为“其他人的代码”）。虽然行业软件开发实践是有用的，但它们通常不能盲目地应用于研究软件开发，而是需要进行调整。因此，Pilgrim等人在《Ten simple rules for working with other people's code》中提出的方法是汇集和整合行业、现有文献以及作者及其同事的研究经验。 

Pilgrim等人提出的10条规则对从学生到教授的各级学术研究人员都很有用。其重点是务实的研究效率，而不是可能带来不切实际的时间负担的绝对最佳实践。这些规则是知情的，但有主见。因此，鼓励读者以这些规则为出发点，为自己思考，做对自己有利的事情。总的来说，如果读者能从这篇文章中获得一个有用的想法或想法，那么就会认为它是成功的。 

这10条规则如下：

规则1：明确你的目标

规则2：选择你的代码库

规则3：阅读文档

规则4：找出如何运行它

规则5：测试它能达到你的预期

规则6：把它分解并画出来

规则7：寻求帮助

规则8：在做出改变之前先思考

规则9：使用版本控制

规则10：发布 

以上10条规则可以分为计划、理解、更改和发布四个类别，它们之间呈现互相反馈的关系（图1）。每条规则的详细注意事项可以参见文献[1]。

图1 这10条规则可以分为计划、理解、更改和发布四个类别。使用他人代码不是一个循序渐进的过程。当你建立对代码的理解时，你的目标可能会改变，这将影响你如何以及是否做出改变。 

参考文献

[1] Pilgrim C, Kent P, Hosseini K, Chalstrey E. Ten simple rules for working with other people's code. PLoS Comput Biol. 2023 Apr 20;19(4):e1011031. doi: 10.1371/journal.pcbi.1011031.

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. ​EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. ​EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台：ITCM

14. AgeAnno：人类衰老单细胞注释知识库

15. 细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA

16. 细胞标志物数据库：singleCellBase

17. ​实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述