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RNA修饰关联的“读出、擦除、写入”蛋白靶标数据库：RM2Target

已有 2937 次阅读 2023-2-3 17:06 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

RNA修饰关联的“读出、擦除、写入”蛋白靶标数据库：RM2Target

众所周知，RNA修饰在调节RNA代谢中起着关键作用，如基因转录、RNA稳定性、RNA剪接、核定位和翻译。RNA修饰由三种不同类型的蛋白质动态介导即“读出、擦除、写入”蛋白（Writer、Erasers和Reader，WER）。Writer可以调节RNA修饰的沉积，Erasers从靶基因中去除RNA修饰，Reader通过识别靶基因中的RNA修饰位点来发挥作用。鉴于RNA修饰关联的“读出、擦除、写入”蛋白的重要作用，本次介绍一个WER靶标数据库：RM2Target（图1，http://rm2target.canceromics.org/）。

图1 RM2Target数据库主页

RM2Target数据库实际上是m6A2Target的更新版本，只不过m6A2Target只针对一种RNA修饰（m6A），而RM2Target针对九种RNA修饰（m6A、m6Am、m5C、m5U、m1A、m7G、pseudouridine、2-O-Me和A-to-I）。

RM2Target包含来自已发表文献和公共高通量数据集的不同细胞系或组织类型的1,619,653条WER靶标关系记录。所有记录被分为三种证据类型，即从低通量方法收集的“验证靶标”，从高通量方法（如iCLIP-seq、eCLIp-seq、HITS-CLIP-seq、PAR-CLIP-seq、RIP-seq和ChIP-seq）推断的“结合靶标”，以及从WERs扰动推断的“扰动靶标”，例如RNA-seq、MeRIPseq和Ribo-seq等高通量测序（图2）。

图2 RM2Target数据库整体设计和构建

利用RM2Target检索感兴趣的WER靶基因，可以帮助研究人员方便快速地识别候选基因，进一步促进调控机制的研究。此外，研究者还可以通过不同WER之间以及不同RNA修饰之间的串扰来探索RNA修饰的潜在功能。然而，RM2Target也有局限性。首先，RM2Target只收集了两种最常用物种数据：人和老鼠。二是靶基因类型和证据类型不够全面。目前，RM2Target还没有为circRNA和小RNA等靶基因类型提供WER靶标关联。对于扰动靶标，只关注了五个研究最多的下游效应，如表达、修饰、翻译、稳定性和选择性剪接。此外，靶点主要来源于短读测序数据。长读测序技术是基因修饰检测的新趋势，目前版本中还没有包含该技术。期待RM2Target在未来更新中修复上述限制。

综上所述，RM2Target将成为RNA修饰研究领域的强大资源。对RNA修饰感兴趣的研究者，可以尝试从该数据库中找到对自己有用的信息。

参考文献

[1] Bao X, Zhang Y, Li H, et al. RM2Target: a comprehensive database for targets of writers, erasers and readers of RNA modifications. Nucleic Acids Res. 2023;51(D1):D269-D279. doi:10.1093/nar/gkac945

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