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EMT标记物数据库:EMTome

已有 1178 次阅读 2022-12-15 10:07 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

EMT标记物数据库:EMTome

 

EMTEpithelial-Mesenchymal Transition)为上皮细胞-间充质细胞转换生物过程,该生物过程与恶性肿瘤的发生、发展和恶化紧密相关。在前面的文章中,已经知道miRNA也参与EMT过程(参见miRNAEMT)以及介绍了调控EMT过程的许多调控因子(参见EMT,你怎么那么多调控因子!)。本次介绍一个EMT标记物数据库:EMTomewww.emtome.org,图1)。

 

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1 EMTome主页

 

EMTome数据库(图2)包含EMT基因标签、不同癌症类型中EMT关联基因、EMT关联基因(miRNAs、转录因子和蛋白质)的相互作用、TCGA数据中识别的免疫谱、EMT标记物关联的临床效果。

 

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2 EMTome数据库架构和资源

 

值得注意的是,至少3个基因才能被认为是一个EMT标记物。EMTome从文献中搜集了84EMT标记物,标记物内基因集大小从3593不等,平均基因集大小为33。此外,EMT标记物内的基因全部为EMT关联基因。其他非EMT标记物内的EMT关联基因,通过“EMTCancer”进一步检索,最终EMTome收集了1153EMT关联基因。

 

总之,如果想研究EMT与恶性肿瘤或癌症之间关系,EMTome是一个不错的数据库资源。

 

参考文献

[1] Vasaikar SV, Deshmukh AP, den Hollander P, et al. EMTome: a resource for pan-cancer analysis of epithelial-mesenchymal transition genes and signatures. Br J Cancer. 2021;124(1):259-269. doi:10.1038/s41416-020-01178-9

 

以往推荐如下:

1. 细胞特异性因果调控网络识别

2. 因果推理综述推荐一篇

3. miRNA活性识别之因果推理方法

4. miRNA协作之因果推理方法

5. 你想了解因果推理吗?

6. 因果学习工具:Causal ExplorerCausal Learner

7. 小样本学习

8. 样本异质性定量化

9. 生物标志物定义及其应用

10. 分子生物标志物数据库MarkerDB

11. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

12. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

13. miRNA靶基因预测工具:“我们到了哪里,又该往哪去?”

14. 人类细胞互作数据库:CITEdb

15. 单细胞数据中数据特异性差异表达基因识别

 

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