人类细胞互作数据库：CITEdb

细胞是多细胞生物的基本单元，它们相互协作共同实现生物的生理功能。细胞互作或通讯的研究将扩宽和加深理解细胞的运作模式。关于细胞互作或通讯，在前面已经对其基本概念（参见生物组织内细胞通讯）和一体化的推理框架（参见细胞通讯推理框架）进行了介绍。本次将介绍一个细胞互作或通讯数据库：CITEdb（图1）。

图1 CITEdb文献

CITEdb数据库的收集是基于文献检索，物种局限于人类，互作或通讯关系在细胞类型层次水平。因此，里面的728条细胞互作或通讯数据是实验验证型，具有高可置信度。有些细胞互作或通讯关系能够被多个实验所验证，有些则比较少。例如，epithelia细胞类型与hematopoletic细胞类型互作或通讯的实验证据就比较多（图2）。

图2 细胞互作或通讯网络可视化图

那么，CITEdb数据库有什么用？第一个用处是可以快速知道那些细胞互作或通讯与生物过程相关，例如研究者想知道与免疫相应（immune response）相关的细胞互作或通讯，只需检索CITEdb数据库即可。另外，第二个用处是CITEdb数据库可以用来测试新的细胞互作或通讯识别方法的性能（图3）。

图3 细胞互作或通讯识别方法性能比较

参考文献

[1] Shan N, Lu Y, Guo H, et al. CITEdb: a manually curated database of cell-cell interactions in human. Bioinformatics. 2022; 38(22): 5144-5148. doi:10.1093/bioinformatics/btac654

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