细胞标志物数据库CellMarker 2.0

关于生物标志物，上两次分别对其定义和应用（参见生物标志物定义及其应用），以及分子生物学数据库MarkerDB（参见分子生物标志物数据库MarkerDB）进行了介绍。在细胞层次，本次介绍一个细胞标志物数据库CellMarker 2.0（图1）。

图1 CellMarker 2.0数据库界面

简单梳理一下CellMarker 2.0包含的内容吧，与CellMarker 1.0相比，2.0版本在数据存储量上面有了很大的提升（表1）。

表1 CellMarker 2.0与CellMarker 1.0数据量比较

除了通用的搜索和浏览功能，CellMarker 2.0提供了6个细胞工具：细胞注释、细胞聚类、细胞恶化、细胞分化、细胞特征和细胞通讯分析工具。当然，这些工具依托的细胞标志物都来自于CellMarker 2.0。并且，6个细胞工具的分析结果来自于内置的38个疾病的108个单细胞数据集。期待CellMarker 2.0后续能够开放这6个细胞工具，这样可以分析用户自己的单细胞数据集。

CellMarker 2.0除了存储实验验证的细胞标志物，还包含从不同平台测序技术产生单细胞数据中预测的细胞标志物。更重要的是，以往细胞标志物只包含蛋白质编码基因，2.0版本也包括了部分miRNAs和lncRNAs等非编码基因标志物。

如果想了解自己的候选基因集是否可以作为标志物显著富集于某个细胞类型，CellMarker 2.0是一个很好的数据资源。

参考文献

[1] Hu C, Li T, Xu Y, et al. CellMarker 2.0: an updated database of manually curated cell markers in human/mouse and web tools based on scRNA-seq data. Nucleic Acids Res. 2022;gkac947. doi:10.1093/nar/gkac947

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7. ​小样本学习

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