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因果学习工具:Causal Explorer和Causal Learner

已有 2760 次阅读 2022-10-10 11:47 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

因果学习工具:Causal ExplorerCausal Learner

 

在因果学习领域,识别因果结构(Causal structure)和马尔可夫毯(Markov blanket)是两个非常重要的研究点。其中,因果结构分为全局和局部两种,马尔可夫毯能有效应用于特征选择研究领域。按照定义,全局因果结构的有向无环图(directed acyclic graphDAG)覆盖所有可能的变量(图1a)),局部因果结构的DAG只关注目标变量T相关的变量(图1b)),马尔可夫毯在局部因果结构基础上,还考虑了目标变量T的子节点的其他父节点(有点类似亲戚节点)(图1c))。

 

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1 因果结构和马尔可夫毯示意图

 

在因果结构和马尔可夫毯识别方面,最早的工具是Matlab语言编写的Causal Explorer2002年就发布了第一版),最新版本1.52019年发布,开源链接为https://github.com/mensxmachina/CausalExplorer_1.52020年,发布了另一个Matlab语言编写的工具:Causal Learner,开源链接为https://github.com/z-dragonl/Causal-Learner#readme。相比Causal ExplorerCausal Learner增加了数据模块和评估模块(图2),并且因果结构和马尔可夫毯识别的算法规模有所增加(图3)。

 

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2 Causal Learner工具架构

 

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3 Causal LearnerCausal Explorer在因果结构和马尔可夫毯识别算法方面的比较

 

在因果学习的实际应用过程中,可以交替使用Causal LearnerCausal Explorer来识别观察数据内蕴含的因果结构和马尔可夫毯。尤其是应用于高维观测数据时候,所需计算量将会很大,需要高性能和高配置计算设备支撑。值得注意的是,因果结构和马尔可夫毯识别只是构建DAG。对于连续型观察数据,如果要想知道变量之间的因果效应(Causal effect),还需要在因果结构和马尔可夫毯基础上,进一步使用do算子等计算出DAG内变量之间的因果效应。因果效应计算的实现工具包可参考R工具包pcalghttps://cran.r-project.org/package=pcalg)。

 

参考文献

[1] Statnikov A, Tsamardinos I, Brown LE, Aliferis CF. Causal explorer: A matlab library of algorithms for causal discovery and variable selection for classification. Challenges in machine learning. 2010 Jan;2:267-78.

[2] Ling Z, Yu K, Zhang Y, Liu L, Li J. Causal learner: A toolbox for causal structure and markov blanket learning. Pattern Recognition Letters. 2022.

 

以往推荐如下:

1. 细胞特异性因果调控网络识别

2. 因果推理综述推荐一篇

3. miRNA活性识别之因果推理方法

4. miRNA协作之因果推理方法

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