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miRspongeR 2.0版本来了

已有 1007 次阅读 2022-9-5 20:52 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

miRspongeR 2.0版本来了

 miRspongeR工具包专门用于miRNA海绵或ceRNA研究,在前面的文章中(ceRNA!你是谁?为了谁?ceRNA漫画,看吗?)已经阐明:miRNA海绵通过共享MREsmiRNA response elements),能够竞争性的结合miRNA,进而削弱miRNA对靶基因mRNA蛋白合成的抑制,以提高蛋白质的表达量。这种调控模式在许多生理和病理过程中发挥重要角色作用。

 自从2019年发布miRspongeR 1.0版本以来[1]miRspongeR一直在持续更新。20227月,miRspongeR 2.0版本终于与大家见面了。本次版本与上一个版本的最大区别有:每种识别方法都有了并行处理版本、能够识别样本特异性miRNA海绵或ceRNA竞争网络和模块、能够识别样本-样本关系网络。miRspongeR 2.0版本的具体框架如图1所示,与上一个版本的比较如表1所示。

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1 miRspongeR 2.0框架


1 miRspongeR 2.0版本与miRspongeR 1.0版本比较

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值得注意是,miRspongeR 1.0版本只接受bulk转录组数据,miRspongeR 2.0版本能够接受bulk转录组数据、单细胞转录组数据和空间转录组数据等。如果想从单细胞和空间层次水平研究miRNAceRNA,不妨试一下miRspongeR 2.0https://bioconductor.org/packages/miRspongeR/)。

 

在使用的过程中,如果有疑问,可以在网址https://github.com/zhangjunpeng411/miRspongeR/issues中提问。

 

参考文献

[1] Zhang J, Liu L, Xu T, Xie Y, Zhao C, Li J, Le TD. miRspongeR: an R/Bioconductor package for the identification and analysis of miRNA sponge interaction networks and modules. BMC Bioinformatics. 2019 May 10;20(1):235. doi: 10.1186/s12859-019-2861-y.

[2] Zhang J, Liu L, Zhang W, Li X, Zhao C, Li S, Li J, Le TD, miRspongeR 2.0: an enhanced R package for exploring miRNA sponge regulation, Bioinformatics Advances, 2022;, vbac063, https://doi.org/10.1093/bioadv/vbac063

 

以往推荐如下:

1. mRNA表达无法取代蛋白质表达

2. Any RNA

3. 癌症内RNA

4. 一对搭档:计算与生物

5. miRNA组学

6. piRNA关联数据库和计算模型

7. 细胞通讯推理框架

8. 四张图揭示环状RNAs的特性、细胞作用和潜在应用

9. 美国癌症研究协会AACR项目:GENIE

10. 环状RNAs与衰老

11. 生物网络的关系推断

12. 网络模块识别已20

 

 

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