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美国癌症研究协会AACR项目:GENIE

已有 1324 次阅读 2022-7-16 10:54 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

美国癌症研究协会AACR项目:GENIE

 

美国癌症研究协会(AACR) 项目: GENIE(图1)是一个国际性泛癌数据项目,其目标是为全世界的癌症研究和临床护理提供信息。GENIE成立于2015年年底,截至目前GENIE 12.0公开发布来自19个癌症中心超过10万人的110,000多个肿瘤数据,这些中心来自美国、加拿大、英国、法国、荷兰和西班牙。通过这些真实世界的数据,可以通过基因组指导试验准确预测登记情况、发现罕见肿瘤的驱动改变、识别没有可操作突变(得益于全面的基因组分析)的癌症类型。可扩展的数据基础结构和治理框架可以通过与生物制药合作来支持额外的深度患者表型,进而扩展新数据类型(例如无细胞DNA测序)。AACR项目GENIE持续服务于全球精准医疗知识库以影响临床决策,并试图团结国际上的所有癌症研究人员。

image.png

1 GENIE

 

免费获取GENIE数据有两种途径:

第一种途径(图2):Synapse Platform (Sage Bionetworks): https://synapse.org/genie

第二种途径(图3):cBioPortal for Cancer Genomics (MSK): https://www.cbioportal.org/genie/

 以上两个途径里面的平台都对注册用户免费开放!其中,Synapse平台除了通过Web下载数据文件,还提供了命令代码: 

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2 Synapse平台内的GENIE

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3 cBioPortal平台内的GENIE

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4 RPythonCommandline下载数据代码

 

后话

特别提醒的是,如果使用了AACR项目:GENIE里面的数据,务必按照下面要求进行引用和致谢(图5)。

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5 GENIE使用条例

 

参考文献

[1] Pugh TJ, Bell JL, Bruce JP, et al. AACR Project GENIE: 100,000 cases and beyond [published online ahead of print, 2022 Jul 12]. Cancer Discov. 2022;cd.21.1547. doi:10.1158/2159-8290.CD-21-1547

  

以往推荐如下:

1. mRNA表达无法取代蛋白质表达

2. Any RNA

3. 癌症内RNA

4. 一对搭档:计算与生物

5. miRNA组学

6. piRNA关联数据库和计算模型

7. 细胞通讯推理框架

8. 四张图揭示环状RNAs的特性、细胞作用和潜在应用

 


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