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miRNA靶基因识别之hiddenICP

已有 2285 次阅读 2021-12-28 11:48 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

前三次说了基于因果推理方法识别miRNA靶基因(miRNA靶基因识别之IDAmiRNA靶基因识别之DirectTargetmiRNA靶基因识别之JointIDA)。这次说一下基于hiddenICPhidden Invariant Causal Prediction)因果推理方法识别miRNA靶基因。

 

01

动机

以往因果推理模型方法(IDADirectTargetJointIDA),都是识别某一个生物条件下的miRNA靶基因。为了能够识别在多个生物条件下的miRNA靶基因,提出了hiddenICPhidden Invariant Causal Prediction)因果推理方法来识别miRNA靶基因(图1)。

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1 ICP方法论文

 

02

ICP

hiddenICP因果推理方法的输入数据源为匹配的miRNAmRNA表达谱。由于没有使用先验信息,因此它是一种非监督性方法。通过与相关分析方法(Pearson)、回归分析方法(Lasso)、因果方法(IDAjointIDA)和随机方法(Random)比较,hiddenICP在发现实验验证型miRNA靶基因个数方面表现最优(图2)。详细结果参见参考文献[1]

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2 ICP方法与其他方法比较结果

后话

hiddenICP考虑隐变量信息,以及恶性肿瘤的亚型分类信息(作为环境变量)协同来识别miRNA靶基因。实验结果也表明,隐变量信息和恶性肿瘤的亚型分类信息有主识别miRNA靶基因。

 

 

参考链接与文献:

[1] Pham VV, Zhang J, Liu L, et al. Identifying miRNA-mRNA regulatory relationships in breast cancer with invariant causal prediction. BMC Bioinformatics. 2019;20(1):143.

[2] Peters J, Buhlmann P, Meinshausen N. Causal inference by using invariant prediction: identification and confidence intervals. J R Stat Soc Ser B Stat Methodol. 2016;78(5):947–1012[2]

[3] Judea Pearl. 2000. Causality: models, reasoning, and inference. Cambridge University Press.

[4] Peter Spirtes, C Glymour, and R Scheines. 2000. Causation, prediction, and search (2nd ed.). MIT Press, Cambridge, MA

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11.miRNA靶基因识别

12. miRNA靶基因识别:下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

16. miRNA靶基因之miRLAB

17. miRNA靶基因之miRBaseConverter

18. miRNATF互为调控

19. miRNA与人类疾病

20. miRNA靶基因与人类疾病

21. miRNAEMT

22. miRNA协作

23. miRNA协作之MFSN

24. miRNA协作之因果推理方法

25. 单细胞水平miRNA调控

26. miRNA靶基因识别之IDA

27. EMT,你怎么那么多调控因子!

28. miRNA靶基因识别之DirectTarget

29. miRNA靶基因识别之JointIDA

 

号外,为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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1 李宏翰

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