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miRNA靶基因与人类疾病

已有 1401 次阅读 2021-11-18 09:37 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

在上一次,我们说了miRNA与人类疾病相关的数据库(miRNA与人类疾病)。细心的读者可能会问,它的靶基因与疾病相关的数据库又有哪些呢?那么,这次就说一下miRNA靶基因与人类疾病吧。

 

01

miRNA靶基因

miRNA的靶基因有很多,例如mRNAlncRNAcircRNApseudogene等,都可能成为其靶基因。通常情况下,如果没有特别说明,miRNA靶基因一般指编码基因mRNA。相应地,本次所说的miRNA靶基因与人类疾病,其实就是编码基因mRNA与人类疾病。

 

02

基因-疾病关系数据库

当前,基因-疾病关系数据库主要分为实验验证型和综合型两大类。下面是汇总的一些常用miRNA-疾病关系数据库(见图1),大部分都是实验验证型数据库。如果想尽可能全面的获取基因-疾病关系数据,可以整合多个数据库使用。

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1 基因-疾病关系数据库一览

后话

基因-疾病关系研究是了解基因表型的重要突破口。目前,基因-疾病关系大都指的是编码基因与疾病的关系。毕竟,研究编码基因的历史要比非编码基因要长。如果你不仅仅关注基因与疾病之间的关系,还要关心基因的功能,那么可以使用GenBankhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)和GeneCardshttps://www.genecards.org/)数据库来搜索。如果使用这些数据库,记得引用相关参考文献哦!

 

参考文献:

[1] Amberger JS, Bocchini CA, Schiettecatte F, Scott AF, Hamosh A. OMIM.org: Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM®), an online catalog of human genes and genetic disorders. Nucleic Acids Res. 2015;43(Database issue):D789-D798. doi:10.1093/nar/gku1205

[2] Tate JG, Bamford S, Jubb HC, et al. COSMIC: the Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D941-D947. doi:10.1093/nar/gky1015

[3] Repana D, Nulsen J, Dressler L, et al. The Network of Cancer Genes (NCG): a comprehensive catalogue of known and candidate cancer genes from cancer sequencing screens. Genome Biol. 2019;20(1):1. Published 2019 Jan 3. doi:10.1186/s13059-018-1612-0

[4] Lever J, Zhao EY, Grewal J, Jones MR, Jones SJM. CancerMine: a literature-mined resource for drivers, oncogenes and tumor suppressors in cancer. Nat Methods. 2019;16(6):505-507. doi:10.1038/s41592-019-0422-y

[5] Davis AP, Grondin CJ, Johnson RJ, et al. Comparative Toxicogenomics Database (CTD): update 2021. Nucleic Acids Res. 2021;49(D1):D1138-D1143. doi:10.1093/nar/gkaa891

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11.miRNA靶基因识别

12. miRNA靶基因识别:下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

16. miRNA靶基因之miRLAB

17. miRNA靶基因之miRBaseConverter

18. miRNATF互为调控

19. miRNA与人类疾病

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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https://blog.sciencenet.cn/blog-571917-1312883.html

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1 李宏翰

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