写在前面

接着前两次的介绍（​miRNA靶基因之实验验证型数据库，​miRNA靶基因之预测型数据库），这次就轮到综合型数据库了。miRNA靶基因综合型数据同时含有实验验证型和计算机预测两种类型数据。在miRNA靶基因识别领域，综合型数据库既可以被当成真实数据（ground truth），又可以当作先验数据（prior information）。多的不介绍了，就介绍miRWalk（http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/）。

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miRWalk

miRWalk（图1）最新更新日期是2021年1月。从2011年开始，miRWalk每年都有所更新。通过整合其他验证型和预测型miRNA靶基因数据库，以及使用TarPmiR预测miRNA靶基因，miRWalk不间断扩充数据库规模。目前，miRWalk提供六个物种（鱼类、人类、老鼠、河鼠、牛和狗）的miRNA靶基因预测型和验证型数据。

图1 miRWalk主页

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miRWalk能干什么？

首先，给定靶基因，miRWalk能够快速检索哪些miRNAs与这些靶基因存在潜在的靶向关系。其次，给定miRNAs，miRWalk也能够快速检索这些miRNAs与哪些靶基因存在潜在的靶向关系。再次，miRWalk也提供检索与特定KEGG信号通路和Reactome信号通路关联的miRNA靶基因调控关系检索。最后，miRWalk当然提供了miRNA靶基因数据免费下载服务，预测型和验证型数据分布情况如图2所示。

图2 miRWalk内miRNA靶基因数据统计

后话

今天介绍的miRWalk，它整合了预测型和验证型两种类型数据库，并且持续更新，所以今天特此推荐。尤其是，有些物种（例如牛和狗）的miRNA靶基因数据是其他数据库不能够提供的。值得注意的是，miRWalk内的实验验证型数据库都来自miRTarBase。如果你只需要实验验证型数据，那么直接自己寻找miRTarBase和TarBase最新版本数据即可。如果你想要计算机预测型数据，miRWalk是不错选择。

参考文献：

[1] Sticht C, De La Torre C, Parveen A, Gretz N. miRWalk: An online resource for prediction of microRNA binding sites. PLoS One. 2018;13(10):e0206239.

[2] Dweep H, Sticht C, Pandey P, Gretz N. miRWalk--database: prediction of possible miRNA binding sites by "walking" the genes of three genomes. J Biomed Inform. 2011;44(5):839-847. doi:10.1016/j.jbi.2011.05.002

更多背景知识如下：

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2. ​What？植物miRNA能够调控动物靶基因？

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6. miRNA有个DIANA系列

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8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11. ​miRNA靶基因识别

12. ​miRNA靶基因识别：下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. ​miRNA靶基因之预测型数据库

号外，ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流，我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。