写在前面

接着上次的介绍（​miRNA靶基因之实验验证型数据库），这次就轮到预测型数据库了。miRNA靶基因预测型数据主要基于序列数据来预测miRNA靶基因（详细见miRNA靶基因识别）。数据库实在是太多了，这次只介绍两款常用的预测型miRNA靶基因数据库：TargetScan（http://www.targetscan.org/）和ENCORI（https://starbase.sysu.edu.cn/）。在miRNA靶基因识别领域，预测型数据库经常被当作先验数据（prior information）来缩小计算机识别方法的搜索区域。

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TargetScan

TargetScan（图1）已经更新到v8.0版本了。最新的版本v8.0里面提供两种不同类型的预测：默认预测（default predictions）和全部预测（all predictions）。一般而言，默认预测用的比较多。目前，TargetScan提供五个物种（人类、老鼠、蠕虫、苍蝇和鱼类）的miRNA靶基因预测数据。因为TargetScan专注于miRNA靶基因预测，并且从2005年一直更新到2021年，受到业内广泛的认可。

图1 TargetScan主页

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ENCORI

ENCORI（图2）是starBase数据库的最新名称。最早是starBase的时候，专注于做miRNA靶基因预测数据。改名为ENCORI（The Encyclopedia of RNA Interactomes）后，就是专门做RNA互作组的预测数据。因此，ENCORI是研究RNA-RNA互作关系的好帮手。但是，改名为ENCORI的文章一直没有出现，因此引用还是得引用starBase文章。以miRNA靶基因预测为例，它提供人类和老鼠两个物种的靶标调控信息和五种不同类型（miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-pseudogene和miRNA-sncRNA）的靶标调控关系供下载。另外，在miRNA-mRNA方面，他还整合了其他7个常用软件（PITA、RNA22、miRmap、microT、miRanda、PicTar和TargetScan）的预测结果。如果你想获得高置信度的miRNA-mRNA调控关系，你可以使用ENCORI来整合多个软件预测结果。最后，ENCORI的Web API很好用哦。

图2 ENCORI主页

后话

今天介绍的TargetScan和ENCORI都是高被引数据库，从引用次数可以看出其欢迎程度。miRNA靶基因预测软件很多，能够一直更新至今的不多。在更新方面，这两款软件做到了，所以今天特此推荐。

参考文献：

[1] McGeary SE, Lin KS, Shi CY, et al. The biochemical basis of microRNA targeting efficacy. Science. 2019;366(6472):eaav1741. doi:10.1126/science.aav1741

[2] Li JH, Liu S, Zhou H, Qu LH, Yang JH. starBase v2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNA interaction networks from large-scale CLIP-Seq data. Nucleic Acids Res. 2014;42(Database issue):D92-D97. doi:10.1093/nar/gkt1248

更多背景知识如下：

1. ​miRNA是何方神圣？

2. ​What？植物miRNA能够调控动物靶基因？

3. miRNA也走非主流路线！

4. Tools4miRs：只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11. ​miRNA靶基因识别

12. ​miRNA靶基因识别：下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

号外，ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流，我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/