写在前面

目前，miRNA靶基因方面有三大类型数据库：实验验证型、计算机预测性和综合型。这次就先介绍两款常用的实验验证型miRNA靶基因数据库：miRTarBase和TarBase。在miRNA靶基因识别领域，实验验证型数据库经常被当作真实数据（ground truth）来比较不同计算机识别方法的预测效果。

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miRTarbase

miRTarBase（https://mirtarbase.cuhk.edu.cn/，图1）已经更新到v9.0版本了，基本是2年更新1次。最新的版本v9.0里面有横跨37个物种的220万多条miRNA靶标调控关系。miRTarBase数据库将实验验证型miRNA靶标调控数据分为强实验证据和弱实验证据两大类型。其中，强实验证据支撑的miRNA靶标调控数据主要被低通量实验（Reporter Assay、Western Blot或qPCR）证实，弱实验证据支撑的miRNA靶标调控数据主要被高通量实验（例如CLIP-Seq）证实。

图1 miRTarBase主页

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TarBase

TarBase（http://www.microrna.gr/tarbase，图2）已经更新到v8.0版本，2018年更新了1次，目前为止没有没有更新。最新的版本v8.0里面有67万多条miRNA靶标调控关系。如果你想下载TarBase数据库里面的数据，需要先填写申请单，然后等候邮件通知。如果通过了，将会以邮件的形式将下载链接发至用户邮箱。

图2 TarBase主页

后话

miRTarBase v9.0版本之前，TarBase v8.0存储了最多的实验验证miRNA靶基因数据。miRTarBase v9.0上线之后，将成为实验验证miRNA靶基因方面的最大数据库。一般而言，整合两个数据库（miRTarBase v9.0和TarBase v8.0）作为ground truth。

参考文献与链接：

[1] Huang HY, Lin YC, Li J, et al. miRTarBase 2020: updates to the experimentally validated microRNA-target interaction database. Nucleic Acids Res. 2020;48(D1):D148-D154. doi:10.1093/nar/gkz896

[2] Karagkouni D, Paraskevopoulou MD, Chatzopoulos S, et al. DIANA-TarBase v8: a decade-long collection of experimentally supported miRNA-gene interactions. Nucleic Acids Res. 2018;46(D1):D239-D245. doi:10.1093/nar/gkx1141

更多背景知识如下：

1. ​miRNA是何方神圣？

2. ​What？植物miRNA能够调控动物靶基因？

3. miRNA也走非主流路线！

4. Tools4miRs：只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11. ​miRNA靶基因识别

12. ​miRNA靶基因识别：下一步

号外，ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流，我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。