zhangjunpeng的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zhangjunpeng

博文

miRNA富集分析之clusterProfiler

已有 1103 次阅读 2021-10-14 09:45 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

关于miRNA富集分析,前面介绍的都是在线工具。在线工具的主要问题是数据更新问题。地球人都知道,miRNA与表型或者miRNA靶基因与表型之间的关系数据库始终处于动态。如果用在线数据库(最新版本停留在2020年,不知道要等几年才更新),miRNA富集分析结果可能存在过时问题。那么,如何保持miRNA富集分析结果不过时呢?那就要用最新miRNA与表型或者miRNA靶基因与表型之间的关系数据。为了实现这个目的,在线网站是不能够满足的。这次就介绍一款R工具包clusterProfiler来做miRNA富集分析。

 

01

clusterProfiler历史

其实,R工具包clusterProfiler主要针对编码基因的富集分析。该包v1.0.x版本在2011年被Bioconductor收录。10年磨一剑,目前已经更新到v4.0.x。该软件在2012年发表在OMICS : A Journal of Integrative Biology杂志上,Google引用次数已经超过8000次。最新的版本在2021年发表在国内新星杂志The Innovation上(如图1所示)。

09ead7d9cfc93eb1279c6eeb19485c2.png

1 clusterProfiler 4.0论文

 

02

clusterProfiler用于miRNA富集分析

要想用clusterProfiler,首先得安装R软件,这个就不多讲了。安装R软件后,找到clusterProfiler主页(图2),按照相关命令进行工具包最新版本的安装。这些都是基本的操作,就不赘述了。

工具准备好之后,下面就是做miRNA富集分析。前面已经讲了,miRNA富集分析分为间接和直接两种情况(参见miRNA富集分析之miRPath)。如果是间接情况,给定miRNA集,先要寻找miRNA集调控的所有靶基因,建议使用高置信度的miRNA靶标数据库,例如miRTarBasehttps://mirtarbase.cuhk.edu.cn/~miRTarBase/miRTarBase_2022/)和TarBasehttp://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8/)。这样,miRNA集就转化为靶基因集。有了靶基因集,就直接使用clusterProfiler相关函数(enrich开头的系列函数)就可以做miRNA富集分析了。

如果是直接情况,给定miRNA集,你直接就可以用超几何分布检验公式就可以做miRNA富集分析了。在直接情况,需要自己构建或指定miRNA-表型关联数据库,灵活调用clusterProfiler中的enricher函数就可以做miRNA富集分析了。clusterProfiler工具包的具体用法可以参见http://yulab-smu.top/clusterProfiler-book/,这里就不展开说。

bec8b615b2d4bc77065424f0f3c1345.png

2 clusterProfiler 4.0软件包页面

 

后话

clusterProfiler做富集分析的优势在于:实时爬基因-表型关系数据,使得富集分析结果保持最新。如果使用clusterProfilermiRNA富集分析也可以保持最新。多的不说了,相关资源很多,自行挖掘吧!

 

参考链接:

[1] Yu G, Wang LG, Han Y, He QY. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS. 2012;16(5):284-287. doi:10.1089/omi.2011.0118

[2] Wu T, Hu E, Xu S, et al. clusterProfiler 4.0: A universal enrichment tool for interpreting omics data. The Innovation 2021; 2:100141. doi:10.1016/j.xinn.2021.100141

[3] Huang HY, Lin YC, Li J, et al. miRTarBase 2020: updates to the experimentally validated microRNA-target interaction database. Nucleic Acids Res. 2020;48(D1):D148-D154. doi:10.1093/nar/gkz896

[4] Karagkouni D, Paraskevopoulou MD, Chatzopoulos S, et al. DIANA-TarBase v8: a decade-long collection of experimentally supported miRNA-gene interactions. Nucleic Acids Res. 2018;46(D1):D239-D245. doi:10.1093/nar/gkx1141

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。

f14307d1a5cbc34771cf304766ee8fc.png

55e1570b4fdb2d2673496a7fb194b22.png



https://blog.sciencenet.cn/blog-571917-1307907.html

上一篇:miRNA富集分析之miEAA
下一篇:机器学习资源库推荐一个

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2021-12-3 21:00

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部