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miRNA富集分析之miEAA

已有 1022 次阅读 2021-10-12 09:42 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

上回说过,TAM 2.0专注于人类miRNA的富集分析,有没有工具能够做多个物种miRNA富集分析呢?当然是有的,今天就介绍一款多个物种的在线miRNA富集分析工具miEAAhttps://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/)。 

01

miEAA历史

miEAA(图1)是一款能够支持包括人类在内的10个物种miRNA富集分析在线工具,2016年第一版本,2020年第二版本问世。miEAA第二版本相对于第一版本其数据量有所增加,实用功能方面也改进不少。所以,使用miEAA进行miRNA富集分析的时候,直接考虑miEAA 2.0即可。

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1 miEAA主页

 

02

miEAA 2.0能做什么?

miEAA不仅能够做成熟miRNAmature miRNA)的富集分析,而且还能够做miRNA前体(miRNA precursor)的富集分析。主要能够根据给定miRNA集,富集的表型有基因本体(Gene Oncology,简称GOhttp://geneontology.org/)、KEGGKyoto Encyclopedia of Genes and Genomeshttps://www.kegg.jp/)信号通路、exRNA形成(exRNA forms)、染色体位置(chromosomal location)、保守性、种子家族、靶基因、疾病过程、药物和组织表达等。另外,还提供miRNA不同miRBase版本名称相互转换,成熟miRNAmiRNA前体相互转换功能。这里需要说明的是,miRNA与表型的关系数据有直接和间接数据两种。其他基本的Web server功能,例如,可视化、下载等都能提供。Enjoy it

后话

目前为止,我们已经介绍了三款miRNA富集分析在线工具:miRPathTAMmiEAA。与miRPath功能非常类似的还有miR+Pathwayhttp://www.insect-genome.com/miR-pathway),这里就不单独介绍了,感兴趣可以自行查看一下。这些工具都是在线工具,存在的一个重要问题是数据库更新问题。那么,有没有一种工具能够实时抓取最新数据库来做miRNA富集分析呢?下回见!

 

参考链接:

[1] Backes C, Khaleeq QT, Meese E, Keller A. miEAA: microRNA enrichment analysis and annotation. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W110-6. doi: 10.1093/nar/gkw345.

[2] Kern F, Fehlmann T, Solomon J, Schwed L, Grammes N, Backes C, Van Keuren-Jensen K, Craig DW, Meese E, Keller A. miEAA 2.0: integrating multi-species microRNA enrichment analysis and workflow management systems. Nucleic Acids Res. 2020 Jul 2;48(W1):W521-W528. doi: 10.1093/nar/gkaa309.

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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https://blog.sciencenet.cn/blog-571917-1307648.html

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