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miRNA富集分析之TAM

已有 1288 次阅读 2021-10-7 07:50 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

上次介绍了一款miRNA富集分析在线工具miRPathmiRNA富集分析之miRPath),但该工具只能够进行miRNAKEGGKyoto Encyclopedia of Genes and Genomeshttps://www.kegg.jp/)信号通路方面的富集分析。如果我想要富集其他表型,怎么办?这次就介绍一款miRNA富集分析在线工具TAMhttp://www.lirmed.com/tam2/)。

 

01

TAM历史

TAM(图1)是比较早做miRNA富集分析的在线分析工具,2010年第一版本,2018年第二版本问世。TAM第二版本比第一版本的数据量翻了两倍,因此在挖掘miRNA背后的生物功能和疾病过程方面更加精准。所以,使用TAM进行miRNA富集分析的时候,直接考虑TAM 2.0即可。

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1 TAM 2.0主页

 

02

TAM 2.0能做什么?

TAM 2.0能够预测给定miRNA集关联的功能(Function)、疾病(Disease)、转录因子(Transcription Factor)、类别(Cluster)、家族(Family)、组织特异性(Tissue Specificity)和细胞特异性(Cell Specificity)。这里需要说明的是,miRNA与这些表型的关系数据都是直接数据,并不是间接数据。其他基本的Web server功能,例如,可视化、检索、下载等都能提供。Enjoy it

后话

miRNA富集分析的准确度取决于miRNA与表型关系数据的全面程度。数据量大并且精确,对于后续的富集分析是大有裨益的。TAM 2.0专注于人类miRNA的富集分析,有没有工具能够做多个物种miRNA富集分析呢?下回见!

 

参考文献:

[1] Lu M, Shi B, Wang J, Cao Q, Cui Q. TAM: a method for enrichment and depletion analysis of a microRNA category in a list of microRNAs. BMC Bioinformatics. 2010;11:419.

[2] Li J, Han X, Wan Y, et al. TAM 2.0: tool for MicroRNA set analysis. Nucleic Acids Res. 2018;46(W1):W180-W185.

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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https://blog.sciencenet.cn/blog-571917-1307010.html

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