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Tools4miRs:只为miRNA分析

已有 967 次阅读 2021-9-23 09:35 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

全面收集已有数据库是一个辛苦活,因为需要不停的关注数据库开发动态。这里,miRNA数据库也不例外。今天就推荐一个专门收集miRNA数据库的网站Tools4miRshttps://tools4mirs.org/)。可以为大家省下不少miRNA研究时间。

 

01

Tools4miRs

2016年,在Bioinformatics杂志中发表了一篇标题为《Tools4miRs – one place to gather all the tools for miRNA analysis》短文(如图1)。Tools4miRs不仅收集miRNA相关的数据库,而且还收集miRNA相关的工具。

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1 Tools4miRs论文

 

目前,Tools4miRs收集了68个数据库,超过170个工具(如图2)。

 

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2 Tools4miRs网站

 

02

后话

Tools4miRs提供了miRNA相关的数据库和软件的名称、描述、适合物种、输入数据和参考文献等信息,方便查阅。另外,呈现的数据库和软件都是最新版本。特别地,软件按照实现的功能还被分为七大类。例如你想做miRNA靶标预测,只需要关注类别“Target Prediction”的60个工具即可。多的不说了,自行挖掘才能感受。

 

参考文献:

[1] Lukasik A, Wójcikowski M, Zielenkiewicz P. Tools4miRs - one place to gather all the tools for miRNA analysis. Bioinformatics. 2016 Sep 1;32(17):2722-4.

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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https://blog.sciencenet.cn/blog-571917-1305329.html

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