||
写在前面
韦恩图(Venn diagram)也叫文氏图、温氏图和维恩图。它能够表示多个集合之间的特异性和共同性。很多软件都可以绘制韦恩图,例如R和Python,一行代码就可以出结果。如果不愿尝试写代码,在线软件也可以出韦恩图。这次就推荐几款不错的韦恩图在线软件。
推荐
第一款推荐是EVenn(http://www.ehbio.com/test/venn/,如图1)。除了能够画韦恩图(最多6个集合),还能够画欧拉图、UpSet图、花瓣图、韦恩网络图。
图1 EVenn在线软件
第二款是Venn diagrams(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/,如图2). 该在线软件没有发文章,但能够画超过6个集合的韦恩图(毕竟一般在线软件最多能画6个集合)。
图2 Venn diagrams在线软件
第三款是jvenn(http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html,如图3)。jvenn最多能画6个集合的韦恩图,每个集合的配色比较好。
图3 jvenn在线软件
第四款是Venny(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/,如图4)。Venny最多能画4个集合的韦恩图,还可以显示百分比数据。
图4 Venny在线软件
最后一款是BioVenn(http://www.biovenn.nl/index.php,如图5)。BioVenn最多能画3个集合的韦恩图,可以自定义标题和子标题。
图5 BioVenn在线软件
后话
如果使用了以上韦恩在线软件,建议引用相关参考文献或链接哦。在线软件不够的话,还有一款离线软件TBtools(https://github.com/CJ-Chen/TBtools/releases)也可以画韦恩图。当然,TBtools还可以离线做很多其他分析(例如序列比对、富集分析、热图、UpSet图、火山图等)。感兴趣的可以下载下来玩玩。
以往推荐:
1. 代码收留站推荐一波!
2. 文献管理器推荐一波!
3. 生信书籍推荐一波!
4. 生信微信公众号推荐一波!
参考文献:
[1] Chen T, Zhang H, Liu Y, Liu YX, Huang L. EVenn: Easy to create repeatable and editable Venn diagrams and Venn networks online J Genet Genomics. 2021;S1673-8527(21)00217-4. doi: 10.1016/j.jgg.2021.07.007.
[2] Bardou P, Mariette J, Escudié F, Djemiel C, Klopp C. jvenn: an interactive Venn diagram viewer. BMC Bioinformatics. 2014;15(1):293.
[3] Oliveros, J.C. (2007-2015) Venny. An interactive tool for comparing lists with Venn's diagrams. https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html.
[4] Hulsen T, de Vlieg J, Alkema W. BioVenn - a web application for the comparison and visualization of biological lists using area-proportional Venn diagrams. BMC Genomics. 2008;9:488.
[5] Chen C, Chen H, Zhang Y, et al. TBtools: An Integrative Toolkit Developed for Interactive Analyses of Big Biological Data. Mol Plant. 2020;13(8):1194-1202.
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-12-25 16:01
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社