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ceRNA数据库外篇

已有 1842 次阅读 2021-9-2 09:13 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

在生物医学领域,数据库的地位不言而喻。好的生物医学数据库共有的特点有:用户友好、界面美观、操作简单、定期维护与更新等。对于生物医学数据库,哪里能够方便查找最新数据库与数据库更新版本呢?

 

NAR数据库专刊

每年1月,Nucleic Acids ResearchNAR)杂志都会有一期的数据库专刊。从这期里面,可以迅速的查看最新数据库与数据库更新。比如20211月份的数据库专刊(图1),将收录的数据库分为9大类型:1major multi-database resources2nucleic acid sequence, structure and regulation3protein sequence and structure, motifs and domains4metabolic and signalling pathways, enzymes5viruses, bacteria and fungi6human genome, model organisms, comparative genomics7genomic variation, diseases and drugs8plants9other databases。涵盖189个数据库,包含89个新数据库和100个数据库更新版本。

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1 2021NAR数据库专刊

 

NAR数据库分类资源

截止20211月份,NAR总共发表了1641个数据库文献(https://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/)。如图2所示,收录的数据库分为15大类型。大部分生物医学数据库文献都可以在这里面查找得到。

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2 NAR数据库分类资源

 

号外

NAR中,ceRNA相关的数据库资源一般被归为“nucleic acid sequence, structure and regulation”类别。NAR数据库文献发表的门槛有点高,毕竟2021年影响因子已经16.971了。如果有ceRNA相关数据库需要发表,有够不上NARFrontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)的专刊“Computational Identification of ceRNA Regulation”也是不错的选择。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/,也可点击阅读原文直达哦。

 

参考文献:

[1] Rigden, D. J., & Fernández, X. M. (2021). The 2021 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection. Nucleic acids research, 49(D1), D1–D9. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1216

 

更多背景知识如下:

1. ceRNA!你是谁?为了谁?

2. ceRNA漫画,看吗?

3. 什么?ceRNA竞争除了单挑模式,还可能有组队模式?

4. ceRNA,是与非!

5. miRNA海绵到ncRNA海绵:因为共同语言

6. ceRNA个体竞争怎样才能入会

7. ceRNA群体竞争怎样才能入会

8. 来来来,一起“撸”ceRNA模块!

9. ceRNA工具包之miRspongeR

10. ceRNA工具包之SPONGE

11. ceRNA工具包之miRSM

12. ceRNA数据库上篇

13. ceRNA数据库中篇

14. ceRNA数据库下篇

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