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写在前面
在生物医学领域,数据库的地位不言而喻。好的生物医学数据库共有的特点有:用户友好、界面美观、操作简单、定期维护与更新等。对于生物医学数据库,哪里能够方便查找最新数据库与数据库更新版本呢?
NAR数据库专刊
每年1月,Nucleic Acids Research(NAR)杂志都会有一期的数据库专刊。从这期里面,可以迅速的查看最新数据库与数据库更新。比如2021年1月份的数据库专刊(图1),将收录的数据库分为9大类型:1)major multi-database resources、2)nucleic acid sequence, structure and regulation、3)protein sequence and structure, motifs and domains、4)metabolic and signalling pathways, enzymes、5)viruses, bacteria and fungi、6)human genome, model organisms, comparative genomics、7)genomic variation, diseases and drugs、8)plants、9)other databases。涵盖189个数据库,包含89个新数据库和100个数据库更新版本。
图1 2021年NAR数据库专刊
NAR数据库分类资源
截止2021年1月份,NAR总共发表了1641个数据库文献(https://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/)。如图2所示,收录的数据库分为15大类型。大部分生物医学数据库文献都可以在这里面查找得到。
图2 NAR数据库分类资源
号外
在NAR中,ceRNA相关的数据库资源一般被归为“nucleic acid sequence, structure and regulation”类别。NAR数据库文献发表的门槛有点高,毕竟2021年影响因子已经16.971了。如果有ceRNA相关数据库需要发表,有够不上NAR,Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)的专刊“Computational Identification of ceRNA Regulation”也是不错的选择。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/,也可点击阅读原文直达哦。
参考文献:
[1] Rigden, D. J., & Fernández, X. M. (2021). The 2021 Nucleic Acids Research database issue and the online molecular biology database collection. Nucleic acids research, 49(D1), D1–D9. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1216
更多背景知识如下:
3. 什么?ceRNA竞争除了“单挑”模式,还可能有“组队”模式?
4. ceRNA,是与非!
10. ceRNA工具包之SPONGE
11. ceRNA工具包之miRSM
12. ceRNA数据库上篇
13. ceRNA数据库中篇
14. ceRNA数据库下篇
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