写在前面

简单来说，数据库就是存放数据的仓库和场所，本质上也就是一个文件。一般分为内部数据库（隐秘与独享）和外部数据库（公开与共享）两种类型。在生物医学领域，建立数据库具有耗时、耗力又耗人特点，尤其是建立用户非常友好的数据库。那么，为什么要建立数据库？最简单理由是快速、方便的查找和获取自己需要的数据、信息或知识。在ceRNA研究领域，也需要数据库的帮助。在ceRNA数据库上篇，首先看看高质量的两种实验验证型数据库（miRSponge和LncCeRBase）。这种类型的数据库，里面的数据往往可以看作事实证据（Ground Truth）。

miRSponge

miRSponge（图1，http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/）是第一个ceRNA实验验证型数据库，它从接近1000篇文献中收集了11个物种内的457条ceRNA竞争关系。这些ceRNAs有四种类型，包括lncRNAs、circRNAs、mRNAs和pseudogenes。近几年，miRSponge数据库一直都没有更新。一部分原因可能是实验验证型ceRNA竞争关系这几年没有多大增幅。 

图1 miRSponge数据库主页

LncCeRBase

LncCeRBase（图2，http://www.insect-genome.com/LncCeRBase/front/）是第二个ceRNA实验验证型数据库。该款数据库比较专一，专门收集lncRNA关联的实验验证型ceRNA竞争关系。从300篇文献中，总共收集到432条lncRNA关联的ceRNA竞争关系。问题是，LncCeRBase数据库近几年也一直都没有更新！一部分原因可能是lncRNA关联的实验验证型ceRNA竞争关系这几年没有多大增幅。

图2 LncCeRBase数据库主页

虽然miRSponge和LncCeRBase这几年都没有更新，但是里面已有数据对于验证计算机预测的ceRNA竞争关系仍然有一定帮助，尤其是验证明星分子PTEN关联的ceRNA竞争关系。特别地，如果验证lncRNA关联的ceRNA竞争关系，建议融合miRSponge和LncCeRBase两个数据库里面的数据。建立生物医学数据库不容易，而且吃力不讨好，但它又是非常重要的基础任务。所以，如果使用了相关数据库，务必要引用相关参考文献。这样一来，将助力相关数据库开发者更好地维护已有数据库。

参考文献：

[1] Wang, P., Zhi, H., Zhang, Y., Liu, Y., Zhang, J., Gao, Y., Guo, M., Ning, S., & Li, X. (2015). miRSponge: a manually curated database for experimentally supported miRNA sponges and ceRNAs. Database: the journal of biological databases and curation, 2015, bav098. https://doi.org/10.1093/database/bav098

[2] Pian, C., Zhang, G., Tu, T., Ma, X., & Li, F. (2019). LncCeRBase: a database of experimentally validated human competing endogenous long non-coding RNAs. Database: the journal of biological databases and curation, 2019, baz090. https://doi.org/10.1093/database/baz090

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为了便于交流，我们为ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。