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关注:
1) 晶体结构预测软件普适的运行过程
2) USPEX的运行过程
xxxxx
qstat -a
55005.mu01 USPEX 48589 1 4 -- 01:30 R 00:25
qstat -f 55005
init_work_dir = /db/home/yexq/work/uspex/ceh2-0g-4f/CalcFold3 【对应INCAR_3?】
摘录学习:
http://blog.sciencenet.cn/blog-100989-855973.html
1. 高压搜索计算,对赝势的检测:
高压搜索的赝势,vasp提供的新赝势可以用吗,还是要官方重新生成?
有har的 PP
hard PP
200GPa以上简单算算,然后用hard PP简单测试下
最靠谱的办法是用wien2k检验一下计算结果
钱广锐-石溪(172449145) 1/2/2015 4:55:32 PM
问题不大的话,继续用普通PP算
董校-南开/石溪(420882335) 1/2/2015 4:55:44 PM
hard的paw有时候能量会出现锯齿不知道为啥。
钱广锐-石溪(172449145) 1/2/2015 4:55:45 PM
最后用hard验证下
300GPa以上,如果用普通的PP,一定要小心谨慎
检测标准:键长>截止半径(POTCAR里面的RCUT,单位为br)和*0.75
2. stm中显示键长
3.
1. 发现计算停止,同时still_running存在了很长时间。(使用ls -l 查看时间)
2. 停掉作业提交脚本
3. 删除still_running
4. 手动执行USPEX -r
5. 看报啥错误
摘录学习2:
http://blog.sciencenet.cn/blog-100989-647058.html
Q1:
最近学习USPEX, 对T0进行测试,运行 nohup matlab < USPEX.m > log & ,大概几秒钟后,就显示如下的错误。整个过程完全没有调用vasp进行优化计算,你能帮我分析一下吗,或者要做什么修改?谢谢。
Possible reasons: badly tuned optimization parameters or unreasonable contraints.
1, 上面的提示,完全不是INPUT.txt的设置问题,真是KD,害我不断调试了好多参数。
2. matlab普通用户的执行参考 http://wenku.baidu.com/view/01f08cd126fff705cc170ad7.html
3 我的root帐户没有vasp.5.2的执行权限,而多次测试是在root帐户下进行的(CalcFold1 )
4. 重新提交任务时,必须删除上次的Current_EXE.mat Current_ORG.mat Current_POP.mat三个文件,不然仍然会显示上面的错误提示。
Q2:
moab作用的作用提交系统与uspex结合时,submitJob_local.m需要做红色的修改,不然
function jobNumber = submitJob_local()
%-------------------------------------------------------------
%This routine is to check if the submitted job is done or not
%One needs to do a little edit based on your own case.
%1 : whichCluster (default 0, 1: local submission, 2: remote submission)
%-------------------------------------------------------------
%Step 1: to prepare the job script which is required by your supercomputer
fp = fopen('myrun', 'w');
fprintf(fp, '#!/bin/shn');
fprintf(fp, '#MSUB -l nodes=1:ppn=16,walltime=01:00:00n');
fprintf(fp, '#MSUB -N USPEXn');
fprintf(fp, '#MSUB -q jscn');
fprintf(fp, '#MSUB -j oen');
fprintf(fp, '#MSUB -V tpt=1n');
fprintf(fp, 'cd $PBS_O_WORKDIR n');
fprintf(fp, 'mpiexec -np 16 /lustre/jhome15/hhb17/hhb172/bin/vasp.st.5.3 > vasp.outn');
fclose(fp);
%Step 2: to submit the job with the command like qsub, bsub, llsubmit, .etc.
%It will output some message on the screen like '2350873.nano.cfn.bnl.local'
[a,b]=unix(['msub myrun'])
%Step 3: to get the jobID from the screen message
end_marker = findstr(b,'.');
jobNumber = b(2:end-1);
disp([' JobID ' jobNumber ' has been submitted ...'])
%jobNumber = b(1:end_marker(1)-1);
(moab提交作业时,msub myrun会空一行再显示进程号,所以这里要改为2,不然显示提交uspex后,显示这样的提示
??? Attempted to access end_marker(1); index out of bounds because
numel(end_marker)=0.
Error in ==> submitJob_local at 27
jobNumber = b(1:end_marker(1)-1);
Error in ==> submitJob at 26
jobNumber = submitJob_local();
Error in ==> SubmitJobs_M200 at 26
POP_STRUC.POPULATION(DO_NOW).JobID = submitJob(DO_NOW);
Error in ==> EA_M200 at 12
SubmitJobs_M200();
Error in ==> Start at 73
eval(['EA_' calcTypeStr '()']);)
Q3:USPEX调用matlab提交vasp的优化计算,能够成功提交任务,但会显示如下的错误:
而我单独在alcfold*目录里面msub myrun却能成功运行vasp.后通过ldd /lustre/jhome15/hhb17/hhb172/bin/vasp.2d.5.3与在matlab里面!ldd /lustre/jhome15/hhb17/hhb172/bin/vasp.2d.5.3发现vasp依赖的库不一样,需在环境变量里面把依赖的库加到export LD_LIBRARY_PATH里
�ٱ� [1]吉宗威是的,每次重新运行时要 ./clean ./clean_tough
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