06 问答10月9号

AA(414948682)  22:46:33

一般来说焓 特别低的是 结构优化出错了，不过你可以再检查一下

AA(173576420)  22:46:36

估计是优化过程中出现了问题导致的

QQ:(12248580)  22:47:54

谢谢，从哪里可以看出是否优化过程中出问题了？.....

AA::(414948682)  22:50:58
如果你保留了 outcar 和 的话，比较容易判断。 (最新版可以在 input.dat 里面用 RecordOUTCAR = T 来保留优化过程)。  或者你再把 结构重新优化一下，看一下能量，就知道了，这样更保险一些。

QQ::(12248580)  22:53:00

谢谢，这个办法不错，记下......

QQ::(12248580)  23:01:44
刚好zl在线，请教一个O2的优化问题：
   epsilon O8 （c2m）在优化过程中可以自动转化为zeta-O8 (c2m)，可是zeta O8优化到550 GPa时，却转为primitive cell中只含有O2 单元的c2m结构，请问在优化过程中怎样使相结构始终保持为zeta-O8 (c2m)相 ？
QQ: (12248580)  23:03:22

 zeta相  130 GPa

AA::(414948682)  23:07:23

你用单包优化试试？
23:07:36
QQ::
zeta相优化到550 GPa以上得到的结构primitive cell 及unit cell

AA::48776252)  23:08:15

如果想结构保持不变，最好用IBRION=1

QQ::(12248580)  23:09:17
好的，采用单胞+IBRION=1一块试试看......

05.问答6月18号

04.预测策略：变胞法？ 还是分开预测？ 二者的比较，哪一个效率更高？

03.Q:calypso.x  的优化过程如何并行

A:

    CALYPSO.x本身的运行不需要并行。但CALYPSO.x产生结构的几何优化的并行还是必要的，可以大大加快计算速度。例如，每一代有50个结构，可以分成10个并行计算（每个并行计算此时只需要处理5个结构），假设每个并行计算用30个计算核心，此时整个结构预测的计算是用300个计算核心来开展的，计算速度会很快。如果计算资源丰富的话，我建议还是要实现并行计算。

A:

新版CALYPSO中实现了几何结构优化的并行～，并且已经把可以实现把产生结构和局域优化分开的开关，如果你机器组够多，你可以通过calypso产生结构，然后把结构拿到任何地方优化，优化后把结果拷贝回来就可以～

01.A:

我想知道的是实际在做实验的时候，用金刚石对顶针来加压，是不是在高温高压的环境下进行的，如果是这样的话，我们是不是需要考虑温度项，也就是要计算吉布斯自由能呢

Q:

理论上应该是这样的.

但是一般情况下温度比较低的时候，温度对这个影响不是特别大，所以就直接用焓了.

如果你想考虑温度也可以用准简谐近似算一下.

室温条件下温度的影响应该不会特别大，所以可以用焓计算相变.

02.A: 算电荷密度时，看见有这样设置INCAR的

Q: 写全电子的电荷密度

01.pot_paw_pbe赝势在300GPa下还适用吗?

A: 你看一下原子间距有没有超过赝势的截断半径之和。

Q: 这个原子间距怎么确定，是这个结构用这个赝势进行300Gpa压力下几何优化得到的原子间距离吗?

A:是的。

1.  Q: 请问在结构预测中，vasp优化时有报错WARNING: Sub-Space-Matrix is not hermitian in DAV           10  -6.950014792793285E-004

A:产生的结构不合理。那就是下次预测时候，可以在各个INCAR 中加入IALGO=48这个参数；

也可用LDIAG  = .FALSE.试一试

2. input 文件再次解读

#

ICode = 1

# System Name default=CALYPSO

SystemName = ScH3

# the number of elements

NumberOfSpecies = 2

# the name of element (The order is the same as POTCAR)

NameOfAtoms = H Sc

# the number of atoms of each element

NumberOfAtoms = 3 1

# atomic numbure

AtomicNumber = 1 21

# the max step of iteration

MaxStep = 50

# the volume of 1 f.u. unit=angstrom^3

Volume= 16

# the shortest distance among the atoms

# 11

# 11 22 12

# 11 22 33 12 13 23

DistanceOfIon = 1.5 2.80 1.65

【 1） 最短的距离是指，所产生的初始结构中原子间的最短距离吗？产生初始结构时，是否考虑了压力因素？  2） 还是初始结构产生了，在优化时才考虑压力；考虑压力后，在优化过程中结构中原子间的距离是不是会变得比初始结构的最短距离还要短？

Answer from Zhuli:

1，是的；压力因素是通过你输入的体积和原子距离决定的。

2，有可能。】

# the ratio of survive to do PSO

PsoRatio = 0.6

# The algorithm

Ialgo = 3

# Use the order parameter or not

Lorder= F

# The KPOINTS Distance

Kgrid = 0.1 0.06   【Kgrid的产生方式是？ 查看计算过程中的KPOINTS文件，发现采用的是Gamma产生方式。 预测得到的不同结构优化时所采用的k-mesh密度是否相同；即最前面的几个焓最低的结构，选取优化时，焓值变化在几个meV的均应选取进行精细优化？】

# The command to submit the job (change it according to your computors)

Command = sh submit.sh

# The number of formula in the unit cell

NumberOfFormula = 1 4

# The Population size

PopSize = 30

# Use to predict the molecular structure(testing now)

Mol=F

# only used to continue a previous calculation.

PickUp= F    

             【PickUp=T；PickStep=完整算完的代数】

#which step shall the previous calculation be picked up

PickStep = 7

#fixed the space group

#SpeSpaceGroup = 23

MaxTime = 10800

3. 从INCAR_4看结构优化策略

SYSTEM = - local optimisation

PREC = Accurate

ENCUT = 400.0

EDIFF = 1e-4

IBRION = 2

ISIF = 3

NSW = 100

ISMEAR = 1 ; SIGMA = 0.2

POTIM = 0.50

#Wavefunction and charge

LWAVE = FALSE

LCHARG = FALSE

#Target Pressure

PSTRESS = 2000.00

#Finer optimization

EDIFFG = 2e-4