狂犬病毒通过伤口或与粘膜表面直接接触而进入体内，但病毒不能穿过没有损伤的皮肤。然后，病毒在咬伤的肌肉复制，病毒也可以通过穿透咬伤直接进入周围神经的神经元，并通过逆向轴浆流动到达中枢神经系统（CNS）。根据动物的种类，运动和感觉神经纤维都可能受累。根据侵入的病毒量、伤口周围神经组织分布和伤口离中枢神经系统的远近，潜伏期5天到几年不等（通常2-3个月，很少超过1年）（至于最长潜伏期多久，目前没有相应的科学实验，只能靠病人口述推测）。病毒侵入部位越靠近中枢神经系统，潜伏期就可能越短。病毒移动的速度估计为5-100mm/天，甚至更快。病毒然后从中枢神经系统通过顺向轴浆流动进入周围神经，导致邻近某些非神经组织（如肌梭、皮肤、毛囊，唾液腺的分泌组织和心脏、肺、腹部的内脏器官）的感染。一旦病人表现出临床症状时，病毒通过中枢神经系统广泛分布于病人全身，甚至到达非神经器官。临床首发症状通常是伤口部位的神经性疼痛；这是由病毒在背根神经节复制和细胞免疫诱导的神经节炎引起的。主要的临床体征都与病毒引起的脑脊髓脊神经根炎有关。可以观察到2种主要临床表现：狂躁型和麻痹型；两者都不能与狂犬病毒在中枢神经系统内特定的解剖定位相联系。但麻痹型狂犬病的虚弱无力是周围神经功能障碍引起的。在狂躁型狂犬病，电生理学研究显示，即使临床上未出现虚弱表现时，前角细胞障碍就已经发生。移植狂犬病人的器官可以导致狂犬病的传播，对利用不明原因死亡病人的器官，应进行狂犬病毒检测。如果没有重症监护，病人会在临床症状出现后2周内死亡。