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已有 6352 次阅读 2015-6-4 03:56 |系统分类:科研笔记
漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究: Amber99SB-ILDN力场(基于GROMACS 4.6版本)
概述
分子动力学模拟
理解预平衡
第一步: 获取并处理pdb文件
第二步: 用pdb2gmx获得拓扑文件
第三步: 创建模拟盒子
第四步: 蛋白质分子真空中的能量最小化
第五步: 向盒子中填充溶剂及离子并进行能量最小化
第六步: 位置限制性预平衡模拟
第七步: 成品模拟
模拟结果分析
1. ngmx查看轨迹
2. g_energy抽取性质数据
3. g_confrms比较结构差异
4. g_covar计算平均结构
5. g_rms与g_rmsdist计算根均方偏差RMSD
6. g_rmsf计算根均方涨落RMSF和温度因子
7. g_gyrate计算回旋半径
8. g_sas计算溶剂可及表面积
9. do_dssp计算二级结构
10. g_hbond统计氢键
11. g_saltbr分析盐桥
12. g_cluster分析团簇
13. g_covar进行主成分分析
14. g_angle进行二面角主成分分析
参考文献
附录: 更长时间模拟的参数文件
◆本文地址: http://jerkwin.github.io/9999/10/31/GROMACS中文教程/, 转载请注明◆
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