蛇岛是大陆岛，属于半开放的岛屿生态系统，岛内能量流动与物质循环与大陆息息相关。

从蛇岛自身来讲，蛇岛蝮蛇主要以候鸟为食，以褐家鼠为辅；候鸟以昆虫、无脊椎动物、植物等为食；褐家鼠以植物种子、海洋无脊椎动物和陆生无脊椎动物等为食；无脊椎动物和昆虫均以浮游生物和植物等为食。这就基本上形成了以蛇岛蝮蛇为顶级消费；候鸟和褐家鼠为次级消费；昆虫、陆生无脊椎动物、海洋无脊椎动物为三级消费；植物为生产者的简单食物链（网）的金字塔结构。

蛇岛地域狭小，生态结构简单而脆弱，蛇岛生态系统中食物链的最重要一环就是候鸟的数量，候鸟的保护又完全取决于全球的鸟类保护，当然蛇岛自身生态环境的保护也将是影响候鸟迁徙的一个重要因素，因此任外来和内在因素的变动都将会影响蛇岛蝮蛇的种群波动。