《动物系统学与进化研究方法手册》中文电子书

面向领域内全球华人科学家征稿函

背景

      广阔的地域、复杂的地貌、丰富的物种资源使中国成为世界上研究生物起源与进化规律的宝地。中国的动物系统学与进化研究起步晚，未完成研究的类群众多。大数据时代的到来给从事这一领域研究的初学者和年轻同行带来巨大的挑战。怎样选定研究方向和课题、如何高效地从野外采集到研究需要的样本、如何保藏、如何设计实验并顺利完成、如何进行数据分析并充分挖掘已有的数据资源等都是困扰众多研究者和研究生的难题。此外，生物学其它领域的飞速发展也使得我们当前的研究不能再拘泥于对物种简单的比较和描述，依赖少量基因标记重建其系统发生关系，而是需要将图像数据转化为可以进行统计学分析的数据，或是利用三维重建探讨其内部的肌肉系统、神经网络等在物种之间存在的变异，或是利用全基因组水平的数据重建进化历史，进而探究某类特征形成背后的遗传控制因子和、外在机制。大量化石的发现与命名更为全面了解研究类群进化历史提供了重要的证据。众多学科研究方法的整合，对重要性状相关关键基因的解析及其适应性进化规律的研究逐渐成为这一领域新的发展方向。在这种情况下，即使是已有丰富工作经验的研究人员在面对三维重建和分析需要构建的复杂模型，第二代、第三代测序的海量数据以及大量新软件的时候也难免头疼，对于刚刚入门的研究生、领域新人又谈何容易。很多时候，我们不得不像大海捞针一样去网上寻找方法以解决某个分析环节中出现的问题，慢慢赶走一个又一个‘bug’。古今融合，对新的实验方法、新的数据分析技能的掌握，对生物统计学、生物信息学和地理信息系统学应用能力的全面提升势在必行。

      在此，我们发出《动物系统学与进化研究方法手册》中文电子书编写倡议，邀请全球相关研究领域的华人科学家为此书投稿，让这本书成为全球华人动物系统学与进化研究中必不可少、随手可查的工具书。我们邀请了强大的专家团队担任本书的科学顾问和主编团队，也邀请到活跃在一线的科研工作者担任编委，负责部分章节的组稿和编写工作。

（封面预设计图如上，动物照片拍摄者：李家堂、张德志、张鹗、乙天慈、陈建、梁红斌、陈垒、沙忠利等，由Bio-protocol设计）

      在您的论文中可以分享您对研究领域方法创新的思考、野外工作中使用的新方法、实验或数据分析过程中总结的宝贵经验、针对具体软件及其参数设置形成的成熟流程等等。您的一次分享可能会让更多的初学者少走弯路，节省大量的人力、物力和财力，也让更多的人了解您的工作。在文章审稿阶段编委团队和特邀评审人也可能会对您的工作提出优化改进方案，让您有新的收获。

      众人集体力量的汇集定能推动动物系统学与进化研究领域新技术、新方法的传播、交流与学习，助力这一学科迸发新的活力。

      这本电子书将由Bio-protocol旗下的Bio-101平台免费在线发表（中文），文章全部同行评审，发表后有doi和中英文引文，文章还推荐提供实验视频进一步提高重复性，成书有ISBN编号网络OA发行。

Bio-protocol简介

      Bio-protocol于2011年在斯坦福大学创建,致力于搭建全球权威的、高质量的生物实验方案分享平台，以助力科学发现。Bio-protocol期刊是Bio-protocol的一个旗舰产品,是一份同行评审的国际学术期刊，发表高质量的生命科学实验方案，旨在提高科研的可重复性。至今，Bio-protocol已发表了来自全球上万名优秀科研工作者（包括多名诺贝尔奖获得者）的近4000篇实验方案，并且同 Science、eLife等12家国际权威科学杂志建立长期合作关系，共同促进生命科学研究的可重复性。2019年Bio-protocol期刊已被PubMed Central，ESCI收录。

      Bio-101是Bio-protocol 旗下一个生命科学中英文实验方案数据库，近期收集来自全球上千个优秀实验室的基础实验方法，旨在为科研人员提供一个共享、讨论及更新基础实验方案的平台。无论是Bio-protocol期刊还是Bio-101 数据库，都是面向国内外生命科学研究工作者免费开放的资源。

      Bio-protocol中国编辑部联系方式：投审稿过程中有任何问题，请与执行编辑袁珍博士联系（yuanzhen@bio-protocol.org；电话：010-62966488

参考实例:

下面是其他领域正式发表实验手册中阅读量较高的文章，格式和内容供参考。

中文实验手册参考示例(实验类)：

1.水稻白叶枯病菌及细菌性条斑病菌培养及接种(含视频) https://bio-protocol.org/bio101/e1010180

2.外源蛋白在烟草叶片瞬时表达 https://bio-protocol.org/bio101/e1010127    

3.水稻重要发育时期表型观察https://bio-protocol.org/bio101/e1010178  

4.PCR扩增及克隆基因https://bio-protocol.org/bio101/e1010202

5.实验用果蝇的饲养及管理 https://bio-protocol.org/bio101/e1010250     

已经完成的实验手册 (水稻、柑橘、果蝇、流式细胞术)，更多文章详见：

https://bio-protocol.org/bio101/Special_Issues.aspx

 Bio-protocl(英文版)稿件参考实例：

 优秀中文方法稿件(原方法已发表于高水平杂志)，可推荐英文版投稿Bio-protocol （PubMed和ESCI收录）。

1.Quantification of theComposition Dynamics of a Maize Root-associated Simplified Bacterial Communityand Evaluation of Its Biological Control Effect(玉米根系相关简化细菌群落组成动力学定量及其生物防治效果评价) https://bio-protocol.org/e2885

2.Extraction and 16S rRNASequence Analysis of Microbiomes Associated with Rice Roots(模式生物小鼠口腔微生物组鉴定) https://bio-protocol.org/e2884

3. Oral MicrobiomeCharacterization in Murine Models(水稻根系相关微生物群落的分离及其16SrRNA序列分析) https://bio-protocol.org/e2655

4. Human, Bacterial and FungalAmplicon Collection and Processing for Sequencing(人、细菌和真菌扩增子的采集、处理并测序)

5. Adapting the Smart-seq2Protocol for Robust Single Worm RNA-seq https://bio-protocol.org/e2729

本电子书编委团队组成如下： 

科学顾问：

陈宜瑜院士 

魏辅文院士

宋微波院士 

主编：

乔格侠研究员 中国科学院动物研究所 

朱敏研究员 中国科学院古脊椎动物与古人类研究所

王文教授  西北工业大学 

杨奇森研究员 中国科学院动物研究所

任东教授 首都师范大学

何舜平教授 中国科学院水生生物研究所 

雷富民研究员 中国科学院动物研究所

彩万志教授 中国农业大学

卜文俊教授 南开大学

特邀评委：虚位以待

已有编委成员 （按加入先后顺序排序）

朱朝东 中国科学院动物研究所 zhucd@ioz.ac.cn 

白明 中国科学院动物研究所 baim@ioz.ac.cn 

葛德燕 中国科学院动物研究所 gedy@ioz.ac.cn

李家堂 中国科学院成都生物研究所 lijt@cib.ac.cn 

高芳銮 福建农林大学raindy@fafu.edu.cn

刘星月 中国农业大学liuxingyue@cau.edu.cn 

李虎 中国农业大学 lih@cau.edu.cn

徐士霞 南京师范大学xushixia78@163.com 

张峰 南京农业大学 fzhang@njau.edu.cn

郭建军 贵州大学 jjguo@gzu.edu.cn

宋刚 中国科学院动物研究所 songg@ioz.ac.cn

刘宣 中国科学院动物研究所 liuxuan@ioz.ac.cn

易鸿宇 中国科学院古脊椎动物与古人类研究所 yihongyu@ivpp.ac.cn

张志升 西南大学 zszhang@swu.edu.cn

邱强 西北工业大学qiuqiang@lzu.edu.cn

陈垒  西北工业大学 chen_lei@nwpu.edu.cn

王堃 西北工业大学 wangkun@nwpu.edu.cn

李永鑫 西北工业大学 yxli28science@sina.com

张洁 中国科学院动物研究所 zhangjie@ioz.ac.cn

沙忠利 中国科学院海洋研究所 shazl@qdio.ac.cn

张锋 河北大学 13582079075@163.com

于黎 云南大学 Yuli@ynu.edu.cn 

张鹏 中山大学 zhangp35@mail.sysu.edu.cn 

谢强 中山大学 xieq8@mail.sysu.edu.cn

朱天琪 中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所zhutq@amss.ac.cn

车静 中国科学院昆明动物研究所 chej@mail.kiz.ac.cn

周欣 中国农业大学 xinzhou@cau.edu.cn

乔慧捷 中国科学院动物研究所 qiaohj@ioz.ac.cn

张爱兵 首都师范大学 zhangab2008@mail.cnu.edu.cn 

何杰坤 华南师范大学 jiekunhe@m.scnu.edu.cn

江建平 中国科学院成都生物研究所

斯幸峰 华东师范大学 sixf@des.ecnu.edu.cn

卢静 中国科学院古脊椎动物与古人类研究所 lujing@ivpp.ac.cn

战爱斌 中国科学院生态研究中心  azhan@rcees.ac.cn

张弛 中国科学院古脊椎动物与古人类研究所 zhangchi@ivpp.ac.cn

郭宝成 中国科学院动物研究所 guobaocheng@ioz.ac.cn

组稿方式与时间进度

l  主编和编委会成员初拟题目预报 （截止日期：8月10日）

l  全球约稿或征稿并上报题目 （截止日期：8月30日）

l  编辑系统填报论文题目和简单摘要 （截止日期：9月30日）

l  正式论文提交（截止日期：2021年4月30日）

l  电子书全线完成 （截止日期：2021年6月30日）

题目预报链接： 

【腾讯文档】动物系统学与进化研究方法手册电子书论文题目收集https://docs.qq.com/sheet/DS1dSY0hCdE1nRG93 

电子书基本框架 

第一章. 野外采集

第二章. 实验操作

第三章. 数据分析

第四章. 生态学数据应用

第五章. 方法创新与思考