分类学文献引用：

为什么引用？什么时间引用？什么内容可以和不可以：物种引用

MEIER-2016-Systematic_Entomology.pdf

最近部分期刊提出对分类学论文进行引用。特别是Zootaxa在给作者的说明中就指出，当任何物种的学名第一次被提到的时候，也应当提到这个物种的命名人。个人感觉这是一个积极的信号，说明大家已经关注到分类学在引证评价体系中被边缘化的问题，并在想办法提高分类学成果的认知度。

前段时间，陈华燕在他的博文“拿什么来拯救经典生物分类学”（http://blog.sciencenet.cn/blog-361302-1036121.html）中提到：“如果非得按影响因子来评判，分类学文章应该得到应有的引用。因为现行的惯例是生物学的各个学科在使用物种名的时候根本就没有引用发表这个物种的文章”。但是如何引用分类学论文及其物种，学界还是有所分歧。

新加坡国立大学的Rudolf Meier教授（http://www.dbs.nus.edu.sg/staff/meier.htm）2016年在Systematic Entomology上撰文，讨论了分类学文献引用。 Rudolf Meier教授曾经和Quentin Wheeler教授（http://www.esf.edu/president/）合作，组织提出不同物种概念的学者，通过文字辩论的方式，对这些概念进行了剖析（Species Concepts and Phylogenetic Theory: A Debate）（http://www.jstor.org/stable/10.7312/whee10142）。他在这篇论文中关于物种描述、物种界定过程、物种定名人等引用的相关观点，值得我们结合系统学工作进行思考。

翻译：中国科学院大学硕士研究生张丹

       物种分类研究的引用存在很多不足。虽然这个问题很久之前就已经意识到了，但是没有引起足够的重视。直到文章被引的次数开始影响经费以及工作，这个问题才开始被重视。目前提出了一个看似简单的改革方法。有些学术期刊强制执行这个方法，他们要求作者完整地引用物种的原始的描述。例如，Organisms，Diversity & Evolution这些期刊现在都要求作者在文章中引用的物种，都应当有一个完整的支撑，要有参考文献，并且Zootaxa在给作者的说明中就指出，当任何物种的学名第一次被提到的时候，也应当提到这个物种的命名人（发表的时间不需要给出，如果你给出了时间，那么就要在参考文献中提出一份完整的参考文献）。其他的学术期刊鼓励或者允许一些引用。

我认为，对于物种原始描述的引用依旧有不恰当的地方：适当的引用应该替代描述标本的文献；而且在发表的文章中，应当包括当前最新的分类研究的方法，有最准确的物种概念。我认为，生物学领域发表的文章在“方法”那部分应当包括物种鉴定方法和分类学的概念，而且鉴定结果应当被视为是“结果”的一部分。给出一个简洁明了的信息，以便审稿人和编辑的评定。

为什么许多物种的描述不能引用

如果已经发表的文章包含重要的科学信息或者支持某一个论点的，这个文章是可以被引用的。许多原始物种的描述并不符合阈值，大多是18-19世纪的物种描述。这意味着引用这样的文献是不恰当的。我用Meigen 黑腹果蝇的描述为例：在有的地方认为，现代关于黑腹果蝇的文章应该要引用这个描述。Meigen是这样描述的：头，盾片，足是土黄色，腹部黑色。颈部白色，翅膀没有颜色。体长3mm.发表在一个专著中，这个专著包括了对9个新种的描述，其中的4个种是异名。很明显的是，其中的一个种D. fasciata现在是黑腹果蝇的异名。这意味着，就目前我们对物种概念的理解，Meigen对这个物种区分的界限是不正确的。现在，无论是谁在文章中引用Meigen的文章都是错误的，因为他的黑腹果蝇不是我们现在所用的分类单元。如果作者现在的文章支持Meigen的观点，那么他们在文章中要提供一个引证，其中要包括当前的分类概念。他们必须声明：我们现在使用的物种之间区分的界限。引用后来描述黑腹果蝇的文章也是很必要的，因为在21世纪，Meigen对黑腹果蝇的描述还是远不够的。

当然，Meigen的工作与现在的研究依然是相关的。首先，他的命名能力是无可挑剔的，他选择的（黑腹果蝇）这个名字之前没有用过（这符合今天所有的命名惯例）；第二，这个名字和这个物种通过具名模式联系在一起。这意味着，一些作者回顾黑腹果蝇的分类历史时必须查阅Meigen的描述。

分类单元的界定与命名

我反对机械地引用原始物种描述的原因是，分类单元概念和物种命名（物种的界定）。分类单元的界定是一个假说驱动，因为物种是分类单元基于明确的物种概念的假设。尽管分类技术很重要，但类群的命名不是一个假设驱动，毕竟，物种需要一个明确的命名系统，那么关于物种的所有的信息可以精确地检索到。因此，作者想要命名一个物种时应该核对是否需要引用后来的提供校正分类概念的文章。双重的引用在以前的文章中很常见，在那些充分信任给物种命名以及校正物种概念的作者的文章里面。

什么应当被引用？

生物学研究的标本，在发表之前必须要鉴定到种。在生物模式中，原始标本的来源通常是在作者说明文化来源的时候就揭示了。遗憾的是，大多数仅存的生物学文献都没有类似的透明度。在大多数的文章中，鉴定的程序没有提及到这些，而且利用的资源也没有引用(例如，最近的物种分类文章)。我认为这是分类学中引用危机的根本来源。主要的问题是，目前，标本鉴定并没有被当做“方法”的一部分，在“结果”中也没有考虑这个鉴定结果。政策的改变对文献的引用很有帮助。基因数据的提供，要求这些研究使用分子数据。我们对所有的研究都报以相同的要求，即要求物种标本的的鉴定。一些研究应当包含明确的分类和鉴定概念的表述。对于一个大规模的研究，这些信息应该以表格的形式呈现，行表示物种，列应当包含这些信息：（1）鉴定方法/文献，（2）鉴定每一个物种时使用的物种概念，（3）证据标本存放地。当以表格的形式呈现的时候，编辑和审稿人会很容易了解在文章中鉴定和物种概念是否被正确对待。注意，一旦鉴定包含了方法和结果的部分，发表的高质量的分类学文章的引用次数也会增多，因为综合修订的检索表被引用的机会也更高。原始的物种描述仅是在它们经受住了时间的考验以及包含有效的分类学概念或者鉴定方法的时候才可以继续引用。

 有很多的原因解释为什么标本的鉴定应当被视为“方法”并且在“结果”中显示。大多数发表的文章的精确度和质量高度依赖于标本的鉴定。如果这个步骤不严谨将会使得发表的文章的质量下降。我的实际经验是，检索表中的错误将会导致一个错误名称的使用。我们错误的将一个物种鉴定为Sepsis monostigma ，而它正确的物种名是S. latiforceps。我们根据检索表鉴定，但很不幸的是这个检索表本身就有问题。我们对照检索表鉴定物种，但是检索表中提供的物种名是错误的。如果我们的原稿清楚地阐明鉴定方法，那么这些错误将会被关心这个问题的审稿人早一些发现。这也可以让后来的引用者避免这种错误。精确的鉴定方法和分类概念也能帮助避免一些问题，例如，在研究中用到的许多水蛭，医疗中发现属于多个物种。要求明确的鉴定文献信息，可以减少这种虽然缺乏同行评议但是在生态学研究中经常使用的“灰色”文献的使用。

整合分类和物种界限

在21世纪，精确的鉴定方法和物种界限相当重要，因为大多数的物种界限是基于最近的分子数据修订的。发现了许多形态学特征模糊的物种，这意味着“老的”物种界限都在改变，而且很多“老的”物种被分成了很多物种。作者的引用说明，含有明确的物种界限和鉴定物种的检索表的文章很重要。当然，这些文章的正确引用，是对最新和最近的分类工作的信任，这些文章中的描述往往比许多原始的描述有更高的质量。例如，在2000年发表的对鸟类的描述的文章很详细(描述，分布图)。它基于很多材料（更多的标本，物种，对比），而且相对于19世纪30年代的描述，这个描述被修改的机会更少。作为对比，机械地引用物种的原始描述可能达不到预期的目标，因为它忽略了早期和现代的分类工作之间质量上的差异而且还表示分类学是一个静态的没有发展的学科。

   物种名是假说吗？

这个已经反复的强调（从根本上说，物种名是进化假说，新数据测试的时候物种之间的地理关系可能会改变）。但是，一些报告中合并分类单元的概念和物种名称，物种名称和类型之间有很密切的关系，而且是不可验证的。让我解释一下。如果我们假设物种不是人为确定的，那么生物的世界将一直被成千上万的物种占据。在某一个时刻，智人进化，而且在不久之后，分类学家基于一些在科学研究中采集的标本的数据来划分物种。当发现一个新的物种，一个或者一系列的标本将被指定为载名模式，而且物种名称和标本有关。一个物种有多个标本，限定的这个物种，以及决定新物种是假说驱动的延伸内容。然而，标本上只有一种类型的标签是不正确的。确实，如果物种名称是假设，那么它们应当是可以测试的，但是不管收集到多新的证据，物种的类型和名称之间始终有关系。物种之间的界定可能会继续发展，但是确定一个正确的物种名称是一个机械过程：如果一个物种在界定的物种水平范围内没有这个类型的标本，那这个物种是一个新种，而且应当描述。如果，标本处于一个新的物种范围，那么物种的名称可以基于标签信息确定。如果在这个物种水平的单位中有多个标本，那么命名法会根据优先权处理标本。

毫无疑问，当前生物学中引用的实践对分类学产生了一定的影响。我认为，主要的原因是物种的鉴定还没有包括在实验方法中，物种的检索表还没有包含实验的结果中。一旦期刊正式地要求作者给出物种如何鉴定，那么这个长期存在的分类学文献的引用问题将不再存在。一些要求也希望可以鼓励作者去反映研究中这重要的一步；同时，机械地引用物种描述，仅仅是给本科生的研究助理产生了更多的工作。

See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.net/publication/309363274

Citation of taxonomic publications: the why,

when, what and what not: Species citations

Article in Systematic Entomology · October 2016DOI: 10.1111/syen.12215