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现在人们普遍认为癌症、帕金森综合症、老年滞呆症等复杂疾病不是由基因、蛋白质或新陈代谢物等孤立的生物分子引起的,而是由控制这些疾病生物分子网络的失调引起的。
典型的生物分子网络包括基因调控网络、蛋白质相互作用网络、新陈代谢网络、生物分子信号传导网络等。随着基因芯片、蛋白质芯片、蛋白质串联质谱仪、RNA-seq、ChIP-chip 和yeast two hybrid analysis 等高通量测量技术的发展,大量的生物数据已经而且还将继续产生。利用这些高通量数据,可以构造各种生物分子网络。
从这些网络中,通过先进计算方法,不仅有助于在网络水平上理解复杂疾病的机理,而且有助于复杂疾病的诊断、治疗和药物设计。譬如,从无向的蛋白质相互作用网络,可以发现关键蛋白质、疾病蛋白(基因)、蛋白质复合物等;从有向的基因调控网络和新陈代谢网络中,通过网络控制理论,可以发现药物靶标。
为了反映生物分子网络的分析及其应用方面的最新进展,SCIENCE CHINA Information Sciences(《中国科学:信息科学》英文版)编委会从国内外邀请了8篇高质量的论文,于2016年第7期出版了“Biomolecular network analysis and application”专题,敬请读者关注!
特邀编辑:
Jianxin Wang (Central South University, China)
Fang-Xiang Wu (University of Saskatchewan, Canada)
Jun Wang (Baylor Collegeof Medicine, USA)
Jianer Chen ( Texas A&M University, USA)
专题篇目▼
Integrating phenotypic features and tissue-specific information to prioritize disease genes
DENG Yue , GAO Lin , GUO Xingli , WANG Bingbo
Identifying disease modules and components of viral infections based on multi-layer networks
LI Yuanyuan , ZOU Xiufen
Detecting protein complexes from DPINs by density based clustering with Pigeon-Inspired Optimization Algorithm
LEI Xiujuan , DING Yulian , WU Fang-Xiang
Identification of the clustering structure in microbiome data by density clustering on the Manhattan distance
JIANG Xingpeng , HU Xiaohua , HE Tingting
Understanding tissue-specificity with human tissue-specific regulatory networks
GUO Weili , ZHU Lin , DENG Suping , ZHAO Xingming , HUANG Deshuang
Identifying essential proteins based on dynamic protein-protein interaction networks and RNA-Seq datasets
SHANG Xuequn , WANG Yu , CHEN Bolin
Pinning controllability of autonomous Boolean control networks
CHEN Hongwei , LIANG Jinling , WANG Zidong
GOAL: the comprehensive gene ontology analysis layer
JEONG Jong Cheol , LI George , CHEN Xue-Wen
专题网址:http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SCIS/59/7?slug=Browse
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