以造礁珊瑚为核心的珊瑚礁生态系统具有丰富的生物多样性、极高的初级生产力、快速的物质循环等特点，被称为“蓝色沙漠中的绿洲”“海洋中的热带雨林”，迄今为止地球上还没有发现像珊瑚礁一样支持众多物种的其他生态系统。长期以来，人们一直以“生态关键区”(ecologically critical area)来看待珊瑚礁生态系统。除了具有极高的生物多样性、丰富的资源(如海产品、药品、建筑和工业原材料等)之外，珊瑚礁还具有科学研究以及防浪护岸、保护环境、休闲娱乐等众多功能。据初步统计，健康的珊瑚礁每年产鱼35t/km²，全球约10%的经济鱼类来源于珊瑚礁区，而全球约5亿人在不同程度上依赖于珊瑚礁生存。

从科学研究的角度来看，对环境变化极其敏感的珊瑚礁还是一系列环境信息的重要载体，是新物种、新基因、新药品等的重要源地，直接参与全球碳循环。珊瑚礁独特的海(海洋)-陆(岛屿)-空(大气)三维结构，使它与一系列的学科如地质、地理、工程、环境、生物、生态、水文、气象、遥感、物理、化学、药物学、天文、考古等直接相关。近年来，深水机器人的试验也选择在珊瑚礁区，深海研究也常以珊瑚礁为依托。从全球变化的角度来看，珊瑚礁作为高分辨率环境变化的重要载体，对揭示气候变化过程、事件和机制等做出了重要贡献。我国南海珊瑚礁研究已经显示出其在风暴、海平面、温度和厄尔尼诺(El Niño)等高分辨率环境记录研究中的巨大潜力。国际上，对珊瑚礁的科学研究也比较重视，每年在Science和Nature上至少有20篇与珊瑚礁研究相关的报道。