泛基因组（2）：细菌泛基因组学---2005-2015年间研究成果展示

《细菌泛基因组学》总结了2005年至2015年间，一个成熟的跨学科研究领域-----细菌泛基因组学的发展。

 《细菌泛基因组学》共18个章节，2015年出版。由Alessio Mengoni（Department of Biology, University of Florence, Florence, 意大利），Marco Galardini（EMBL-EBI, Cambridge,英国），Marco Fondi（Department of Biology, University of Florence, Florence, 意大利）主编。

ISSN 1064-3745 ISSN 1940-6029 (electronic) ISBN 978-1-4939-1719-8 ISBN 978-1-4939-1720-4 (eBook) DOI 10.1007/978-1-4939-1720-4 Springer New York Heidelberg Dordrecht London

细菌是自然界中最古老的生物种群之一，不同菌种之间甚至是同一种菌的不同株系之间也具有丰富的遗传多样性，在表型特征上具有明显分化，这些分化的遗传基础主要源自菌株之间的基因组遗传信息的差异。为了更全面地在基因组水平上揭示细菌种内个体间的遗传多样性，进一步探寻个体间的系统发生关系和个体间表型差异的遗传基础，2005年底由研究细菌致病物种的研究人员提出了细菌泛基因组学的概念。

细菌基因组学与真核多细胞生物基因组学最显著的区别之一是泛基因组的概念。泛基因组定义为基因组近似值，以核心（在所有菌株中保守）和非必需（在菌株之间可变）基因的总和来描述物种的基因组。对于细菌物种来说，泛基因组的概念尤其重要，因为密切相关的菌株通常在它们之间显示出巨大的基因含量差异。因此，当谈到细菌基因组学时，人们通常指的是细菌基因组的比较分析，然后是我们可以称之为“细菌泛基因组学”。了解这种巨大泛基因组变异的哪些遗传成分在功能上、临床上或进化上相关是一项具有挑战性的任务。因此，提供强大而精确的分析工具至关重要。由于细菌基因组分析（或细菌泛基因组研究）的广泛传播，本书旨在提供有关细菌泛基因组研究的最新方法。涵盖三个主要领域，即细菌泛基因组学的实验方法（“准备细菌泛基因组”）、分析和注释序列数据的生物信息（“定义泛基因组”），以及从泛基因组推断功能和进化特征的方法(“解释泛基因组”）。

本书的目的是作为“现场指南”对于想要更新其技术知识的合格细菌基因组学研究人员，以及想要开始研究细菌基因组学和基因组学的经验不足的研究人员。除此之外，本书还可以作为细菌泛基因组学方法的手册和对基因组学和生物信息学课程。

18个章节目录：

    1.   Pulsed Field Gel Electrophoresis and Genome Size Estimates

2.    Comparative Analyses of Extrachromosomal Bacterial Replicons, Identification of Chromids, and Experimental Evaluation of Their Indispensability

3.   Choice of Next-Generation Sequencing Pipelines

4.   The Pyrosequencing Protocol for Bacterial Genomes

5.   Bacterial Metabarcoding by 16S rRNA Gene Ion Torrent Amplicon Sequencing

6.   The Illumina-Solexa Sequencing Protocol for Bacterial Genomes

7.   High-Throughput Phenomics

8.   Comparative Analysis of Gene Expression: Uncovering Expression Conservation and Divergence Between Salmonella enterica Serovar Typhimurium Strains LT2 and 14028S

9.   Raw Sequence Data and Quality Control

10.  Methods for Assembling Reads and Producing Contigs

11.  Mapping Contigs Using CONTIGuator

12.  Gene Calling and Bacterial Genome Annotation with BG7

13.  Defining Orthologs and Pangenome Size Metrics

14.  Robust Identification of Orthologues and Paralogues for Microbial Pan-Genomics Using GET_HOMOLOGUES: A Case Study of pIncA/C Plasmids

15.  Genome-Scale Metabolic Network Reconstruction

16.  From Pangenome to Panphenome and Back

17.  Genome-Wide Detection of Selection and Other Evolutionary Forces

18.  The Integrated Microbial Genome Resource of Analysis

 Erratum to: Genome-Wide Detection of Selection and Other Evolutionary Forces

全书下载地址：https://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4939-1720-4

泛基因组（1）：突破科赫法则的微生物泛基因组-----缘由、概念、起步

链接地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-526326-1310902.html