科学理论的形成一般要经过现象观察、问题发现、提出假设、演绎推理、实验验证几个步骤。

宗教、玄学和科学实际上是人类的认识事物的不同阶段，它们都试图揭示真理来回答“是什么”和“为什么”的问题，宗教/哲学是人类认识事物的世界观和方法论，玄学重视推理，科学强调验证，它们之间的联系纽带是因果与逻辑，归纳如下：

科学（science）源于中世纪拉丁文“Scientia”，原意为“学问”、“知识”。 反映事物现象的普遍真理或客观规律，已系统化和公式化了的知识体系，是用求证的思维作研究的。按研究对象的不同可分为自然科学、社会科学和思维科学，本文所述“科学”特指自然科学。

玄学（metaphysics）源自希腊语：μετά（metá），意思是形而上学，就是超越外在表象，揭示内在真理。是一种与科学相对的理论，它回答人类已知的科学无法回答的问题，是用推理的思路作预测的。玄学与人们日常生活和民族文化形成息息相关，是人类文明不可或缺的一部分。

宗教（Religion）源自拉丁语的Religio，意指“连接”，与“宇宙万物相互连接”的表现有关。相信现实世界之外存在着超自然的神秘力量或实体，是用假设的思想做解释的。宗教是伦理道德、思想文化和社会形态的一个重要组成部分，承担了道德培养、心理安慰等诸多功能。

【关于进化论】

 “进化论”在形式上没有使用数学语言描述，逻辑上循环论证，操作上不可证伪，源于辩证思考，止于形式逻辑; 终结了造物主，塑造了自然神。达尔文的“自然选择说”偷偷用客体替换掉主体——羞辱人类的智慧，无论在自然界或实验室都未找到“基因突变的累积可发生跨物种转换”可以实现跨物种转变的直接证据，

所谓“选择”是一种“智慧”行为，根据热力学第二定律，非智慧活动是一个熵增被动过程，而智慧活动是一个熵减的主动过程，举例计算机程序遭到软硬件故障或病毒侵袭不会自发产生新的功能程序，而程序设计是一个主动过程，自然选择不会自发使低级程序向高级程序进化，进化论利用辩证法的诡辩手段将“主体”与“客体”倒置，将“被动”过程与“主动”过程混淆了。

进化论是一个假设，而不是理论，它提出了一个物竞天择、适者生存的假设，它未经证实或者证伪。这个假设最大的问题是普适，就是太大太全，所以只要提出一个反证就能证伪。这和中医的包治百病一个意思。要做的事，是用科学的方法论把它分解，看是否在某些局部成立，某些局部不成立。

“合成生物学”正向“上帝”的造物主地位挑战，证明了智慧能够创造智慧，那么，假设上帝2.0是合成生物学工程师，玩儿“适者生存”选择游戏的“自然神”还有存在的必要性吗？

【传统生物学】进化论本质是自然神论， 基因已沦为科学宿命论， 细胞论则是活力论翻版

【现代生物学】系统生物学以数学为基础， 结构生物学以物理学为基础，合成生物学以工程设计为基础。

没有宗教的科学是跛子，没有科学的宗教是瞎子。

——爱因斯坦