在南科大尝试小班制教学

今年第一次正式的走上讲台，为生物系三年级的学生上生物信息学，昨日刚刚结课，感慨颇多。

南科大三年级学生为第一届学生，整个生物系只有6人。正好学校倡导小班制教学。于是我在学期之初就开始思考，小班制教学与大课堂教学，除了上课学生人数少之外，还有什么不一样的地方呢? 在上课的形式上有什么可以创新的地方呢?一学期下来，我总结了我自己上这门课几个特点。

1，    师生围成圈上课

我将两个课桌拼起来，旁边围着放6个椅子，学生和老师团团围着做，这就成了上课的地方。学生和老师平齐平座，没有了那种身份的差异，更像几个朋友一样在交流学术问题。

2，    学生讲课

我常给学生布置一些课后作业，是阅读生物信息学最近发布相关的文献，很多是从Nature， Science上发表的文章。学生在课后阅读了之后，在上课时刻给我们讲解文章。这些文章读起来很有挑战，要给我们讲就更加锻炼学生的能力了。尤其是最后一节课，每一个学生自己读完《生命的语言-DNA和个体化医疗革命》之后，每一个学生负责讲一章，像讲故事一样和大家分享最新最有意思的个体化医疗。碰到有些问题，比如说是不是应该给所有人做基因检测，建立基因档案的问题时，学生们从技术，隐私，伦理等方面热烈的讨论了十几分钟。

3，    海报竞赛作为期末考试

这门课的考试形式比较特别。我在期中考试之后就将期末考试的题目公布：学生任选感兴趣的题目，运用本课程学到的生物信息学知识，来做一个小型的研究项目，并且最后做一张英文的Poster。学生自由组成三个队。其中一个学生做的个人基因组分析解读软件，非常成功，达到了发表的水准，这是链接：http://www.sustc-genome.org.cn/pgi/

海报比赛那天，盛况空前，有30多个生物，物理，化学，微纳等专业的老师作为评委围着这三张海报听学生讲解。最后评出的Best Poster是研究Leptin protein的跨膜结构和功能预测的。

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后记，昨天看到了许多朋友对这篇文章的评论，非常感谢，其中提出了很多问题和批评，因此我将本课程的大纲，PPT和学生作品贴上，希望对大家全面认识小班制教学有所帮助。

Textbooks: Bioinformatics and Functional Genomics, 2ndEdition， By Jonathan Pevsner

学生海报竞赛的三张作品：

http://www.sustc-genome.org.cn/Courses.html 

Course schedule:

Lecture 1. Introduction to the Course:Bionformatics Algorithms & Data Structures
Lecture 2.Bioinformatics Databases, UNIX Basics (part 1)
Lecture 3.Alignment, UNIX Basics (part 2)
Lecture 4.Similarity Searching (BLAST), Perl (part 1)
Lecture 5.Advanced Alignment methods, Perl (part 2)
Lecture 6.Multiple Alignment, Perl #3
Lecture 7.Computing Evolution: Phylogenetic Analysis
Lecture 9.Genomics I: SNPs and Haplotypes
Lecture 10.Genomics II: Analysis of Microarray Data
Lecture 11.Genomics III: Next-Geration Sequencing (part 1): Sequence Alignment &Variation
Lecture 12.NGS Variants & Galaxy Genomics Toolkit
Lecture 13.Genomics IV: Next-Geration Sequencing (part 2): ChIP-seq
Lecture 14. Genomics V: Next-Geration Sequencing (part 3): RNA-seq
Lecture 15. Genomics V!: Microbial Genomes & Metagenomics
Lecture 16. Genome Assemble
Lecture 17. Personalized medicine bioinformatics
Lecture 18. Poster/project presentations