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R语言简化本地blast操作

已有 11382 次阅读 2015-2-23 17:30 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 简化, 本地blas, t操作

#R语言简化本地blast操作

 

#编者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

六盘水市生物研究所

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

#R语言简化本地blast

#预装函数（此函数代码将在发布24小时之后删除）

 


 

#path.bin为本地blast所有程序所在的bin目录位置

#path.seq 为需要查询的序列所在的目录

#dbname要查询的本地数据库名称，如何构建本地数据库，请参照我们之前的博文（

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=508298&do=blog&id=867846）

#seqname序列名称

 

#使用方法

path.bin = "……/ncbi-blast-2.2.27+-ia32-win32/ncbi-blast-2.2.27+/bin"

path.seq =    "……/序列库"

dbname =    "*.db"

seqname =    "*.fas"

seqname =    sub(" ","-",seqname) #fas序列名不能带空格

 

R2localblast(path.bin,    path.seq,dbname,seqname)

 

程序运行的结果是和seqname同名的没有后缀名的文本文件，可用记事本打开。

之后我们会有小程序将这一结果转化为excel表格，请持续关注。


 

 




https://blog.sciencenet.cn/blog-508298-869689.html

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