使用FigTree制作环形系统发育树

#作者信息

熊荣川 

六盘水师范学院生物信息学实验室 

六盘水市生物研究所

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

系统树的形态有多种，当末端节点较多时，我们通常选用环形系统发育树^[1]，已达到节省版面的目的（如下图）。

其制作可以很方便的使用FigTree软件实现，过程如下：

1、打开软件

2、使用file -> open功能打开树文件，出现以下对话，

3、选择“确定”

4、可以看出需要对数的末端字体进行设置，在左边选择tip labels -> Font进行设置

5、设置字体，大小，是否斜体加粗

6、选择左上角polartree layout按钮

7、初步设置环形系统发育树

8、为了美观我们需要对齐末端，选择Align tip labels

9,、如果对其中的某个支系感兴趣，可以对其进行阴影标记，选择好感兴趣的支系

10、选择顶端Highlight按钮，选择颜色

11、初步效果

12、如果要调整阴影部分的位置，可以使用root angle的大小，作用拖动调整

13、最终效果如下

好了，就这么简单，祝您科研愉快！

参考文献

[1 ].         熊荣川,田应洲, 李松, 陈红, 于振. 2014.威宁中华蟾蜍的分子鉴定.贵州农业科学, 42 (12): 32-36.