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使用FigTree制作环形系统发育树
#作者信息
熊荣川
六盘水师范学院生物信息学实验室
六盘水市生物研究所
xiongrongchuan@126.com
http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz
系统树的形态有多种,当末端节点较多时,我们通常选用环形系统发育树[1],已达到节省版面的目的(如下图)。
其制作可以很方便的使用FigTree软件实现,过程如下:
1、打开软件
2、使用file -> open功能打开树文件,出现以下对话,
3、选择“确定”
4、可以看出需要对数的末端字体进行设置,在左边选择tip labels -> Font进行设置
5、设置字体,大小,是否斜体加粗
6、选择左上角polartree layout按钮
7、初步设置环形系统发育树
8、为了美观我们需要对齐末端,选择Align tip labels
9,、如果对其中的某个支系感兴趣,可以对其进行阴影标记,选择好感兴趣的支系
10、选择顶端Highlight按钮,选择颜色
11、初步效果
12、如果要调整阴影部分的位置,可以使用root angle的大小,作用拖动调整
13、最终效果如下
好了,就这么简单,祝您科研愉快!
参考文献
[1 ]. 熊荣川,田应洲, 李松, 陈红, 于振. 2014.威宁中华蟾蜍的分子鉴定.贵州农业科学, 42 (12): 32-36.
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