#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

一、 MEGA6

    mega似乎做系统发育的人都知道，而且好像入门必备。这个软件保罗万象，糅合各种工具于一体，界面友好，所以有人戏称，如果MBE（杂志）的引用率下降，就会发布一个mega新版本提升影响因子，可见其使用之广泛。2013年更新至第六版。mega的部分功能我们之前的博客也有所介绍

http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-740163.html （使用mega5统计DNA序列的碱基组成）

二、jmodeltest

   核苷酸序列替换模型筛选软件。模型丰富，界面友好，支持多线程。2014年有了服务器版本，美其名曰云计算版本，jmodeltest. org。更多信息可以参考我们之前发表的博客

 http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-465649.html （使用Modeltest筛选核苷酸替换模型）

  http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-591360.html （怎样使用mrmodeltest帅选核苷酸替换模型
） 

三、RAxML Version 8

  RAxM是强大的最大似然法系统发育树构建工具，这在我们之前的系列博客中已有介绍

http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-680618.html （Raxml 可视化软件raxmlGUI）

http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-517703.html (用RAxML构建系统发育树并计算节点支持率
)

 http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-575239.html (使用RAxML分割数据并构建最大似然树)

 http://blog.sciencenet.cn/blog-508298-467160.html (最大似然法建立进化树的软件之一RAxML
)

2014更新至版本8，增加了很多新功能，例如形态离散特征的分析，自举检验次数的自动评估等。
 

参考文献

Tamura, K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0 [J]. Molecular biology and evolution, 30(12): 2725-2729.

Santorum, JM, Darriba D, Taboada GL, Posada D. 2014. jmodeltest. org: selection of nucleotide substitution models on the cloud [J]. Bioinformatics: btu032.

Stamatakis, A. 2014. RAxML Version 8: A tool for Phylogenetic Analysis and Post-Analysis of Large Phylogenies [J]. Bioinformatics: btu033.