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使用DAMBE对蛋白编码基因按密码子位置进行分割
#作者信息 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 |
# 前言 蛋白质编码基因因为简并密码子的关系,使得三个密码子位置上的碱基进化速率存在差异,尤其是第三位密码子碱基。因此构建系统进化树之前常常需要按照密码子位置对基因进行分割,从而得到包含不同密码子位置碱基的数据集。下面简单介绍如何使用软件DAMBE进行分割操作 |
#使用方法 首先当然是比对好序列,并通过翻译成蛋白质的方法对基因进行核对 保存比对好的序列之后,导入DAMBE,注意选择基因类型和密码子表类型
在sequences选项中选择你要提取的序列位置 然后另存为其它文件即可 呵呵,真是不说不知道…… 就这么简单,祝您科研愉快! |
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