|||
熊荣川
xiong rongchuan
六盘水师范学院生物信息学实验室
xiongrongchuan@126.com
http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz
一般的遗传距离矩阵如下图
对这样的矩阵稍作修改,删除标题行列,保存为“Fst.csv”
library(ape) #需要用到ape程序包
M2 = read.csv("Fst.csv",head = F) #输入表格
dimnames(M2) <- list(1:8, 1:8) #为表格设置行列名称
M2<-as.matrix(M2) #将表格转化成矩阵格式
tr2 <- bionj(M2) #构建NJ树
pl树ot(tr2, "u") #输出系统发育
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-11-24 05:42
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社