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R语言中提取系统发育树的各种信息
熊荣川
xiong rongchuan
六盘水师范学院生物信息学实验室
xiongrongchuan@126.com
http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz
library(ape)
Otr <-read.tree("chou.nwk") #读入系统发育树
plot(Otr,show.node.label = T) #输出系统发育树,并显示节点信息
Otr$tip.label #末梢信息
[1] "DQ650503""DQ650501" "DQ650500" "DQ650545""DQ650547" "DQ650546"
Otr$edge #支系节点信息
[,1] [,2]
[1,] 7 8
[2,] 8 9
[3,] 9 1
[4,] 9 2
[5,] 8 3
[6,] 7 10
[7,] 10 4
[8,] 10 11
[9,] 11 5
[10,] 11 6
Otr$edge.length #支长
[1] 0.07659315 0.00000000 0.001899570.00000000 0.00000000 0.07660045
[7] 0.00000000 0.00094696 0.000945320.00094532
Otr$node.label #中间节点信息
[1] "" "1.0000" "0.4110""1.0000" "0.7520"
Otr$root.edge #根部支系长度,这里是无根树,所以结果NULL
NULL
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GMT+8, 2024-12-25 10:48
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