R语言中系统发育树的输出类型

熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

library(ape)

tr <- read.tree(text ="((a:1,b:1):1,(c:1,d:1):1);") #直接在屏幕上输入树文件

plot(tr, type = "p")  # "phylogram"类型，也是默认类型

plot(tr, type = "c")  #"cladogram"类型

plot(tr, type ="u")  # "unrooted"类型

plot(tr, type ="r") #"radial"类型

plot(tr, type ="f")  #"fan"类型

注意，本文中类型用了手写小字母作为简称，也可以使用全称

如

plot(tr, type = " fan")  #"fan"类型