R语言中系统发育树的输入输出

熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

R语言可用于系统发育与进化分析，其中一个基本的操作就是系统发育树输入与输出。

下面是一个实例，示范如何用R语言进行系统发育树的输入与输出。

提示：在进行以下操作之前需要安装ape包。

实例一 直接在屏幕上输入树文件

library(ape)
tr <- read.tree(text = "((a:1,b:1):1,(c:1,d:1):1);") #直接在屏幕上输入树文件
write.tree(tr,file = "tr.nwk") #输出系统树，可以使用mega查看
plot(tr)  #输出树图，效果如下图

实例二 从硬盘读入树文件

tr1 <-read.tree("tr.nwk") #读入树文件

plot(tr1)  #输出树图，效果如上图

如果是nexus格式的系统发育树，使用read.nexus()读入，使用write.nexus()