使用R语言提取索取号

熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

从Genbank下载的序列，通常序列较长，提取这些索取号是一件体力活，因此我们编写了下面的函数已解决此问题。

fasGBS <- function(name){
   xiong = strsplit(name,'\|')
   xiong = unlist(xiong)
   index = grep("gb",xiong)
   return(xiong[index+1])
}

使用举例：

name = ">gi|308051814|gb|GU013768.1| Rana grahami clone 162 bradykinin precursor, gene, complete cds" #genbank下载序列的fasta格式序列名称

fasGBS(name) #调用fasGBS函数

[1] "GU013768.1" #结果

就这么简单，祝您科研愉快